Przodkowie konia z Ameryki Południowej wywodzą się od koni przywiezionych na zachodnią półkulę przez Hiszpanów z linii andaluzyjskiej i innych iberyjskich. W południowej części kontynentu znaczna liczba tych koni rozwinęła się w warunkach izolacji geograficznej, a do połowy XIX wieku w stadach Mapuczów z południowej prowincji Buenos Aires w Olavarría w Argentynie występowała dowolna liczba mniejszych, wsobnych zwierząt. Koń Falabella został pierwotnie stworzony w Argentynie z lokalnych koni rasy Criollo, począwszy od programu hodowlanego Patricka Newtalla w 1868 roku. Kiedy Newtall zmarł, stado i metody hodowlane zostały przekazane zięciowi Newtalla, Juanowi Falabelli. Juan dodał dodatkowe linie krwi, w tym kuce walijskie, kuce szetlandzkie i małe konie pełnej krwi angielskiej. Dzięki znacznemu chowowi wsobnemu, był w stanie uzyskać konsekwentnie małe rozmiary w stadzie.
Począwszy od lat 40-tych, potomek, Julio C. Falabella, stworzył formalny rejestr rasy, Establecimientos Falabella, obecnie Asociación de Criadores de Caballos Falabella (Stowarzyszenie Hodowców Koni Falabella), i pracował nad standaryzacją rasy, aby osiągnąć stały wzrost, najpierw osiągając średni rozmiar poniżej 100 cm (40 cali). Później hodowcy opracowali nowoczesny standard, rasę koni, która osiągała średnio około 76 cm (30 cali) wzrostu.