Po śmierci Tegh Bahadura, Guru Gobind Singh (1666-1708), najważniejszy ze wszystkich Guru z wyjątkiem Guru Nanaka, przejął przywództwo Sikhów. Gobind Rai, którego imię zostało zmienione na Gobind Singh prawdopodobnie w czasie tworzenia Khalsy, urodził się w Patnie, jako jedyne dziecko Guru Tegh Bahadura. W wieku pięciu lat został zabrany do Anandpur i wykształcony w sanskrycie i perskim oraz w sztuce poezji i wojowania. Egzekucja jego ojca w Delhi przez Aurangzeba musiała wywrzeć głębokie wrażenie na dziecku. Przez kilka lat po jego sukcesji jako Guru, kontynuował swoją edukację w Shiwalik Hills. Dorósł do męskości jako władca małego państwa Shiwalik, uczestnicząc w różnych wojnach przeciwko innym wodzom Shiwalik i demonstrując szczególną rozkosz w sporcie łowieckim.
Zgodnie z sikhijską tradycją, w dniu Baisakhi (indyjski Nowy Rok) pod koniec XVII wieku (dokładny rok nie jest pewny, choć prawdopodobnie był to 1699), odbył się jarmark w Anandpur, a wszystkim Sikhom nakazano wziąć w nim udział. Guru pozostawał w ukryciu aż do momentu, gdy uroczystości osiągnęły swój szczyt, kiedy to nagle pojawił się z namiotu niosąc wyciągnięty miecz i żądając głowy jednego ze swych wiernych zwolenników. Natychmiast tłum zamilkł, zastanawiając się co się stało. Guru powtórzył polecenie, a w końcu Daya Singh zgłosił się na ochotnika i został zabrany za parawan, by zostać wysłanym. Następnie Gobind Singh pojawił się ponownie, z mieczem ociekającym krwią, i zażądał drugiej ofiary. On również został wyprowadzony za parawan i znów dało się słyszeć dźwięk miecza. W ten sposób pięciu lojalnych Sikhów zgodziło się umrzeć za swego pana. Kiedy najwyraźniej pozbył się piątego, ekran został usunięty i cała piątka okazała się być bardzo żywa. U ich stóp leżało pięć ubitych kóz. Pięciu ochotników stało się Panj Piare, „Czcigodną Piątką”, która udowodniła, że ich lojalność jest niepodważalna.
Guru Gobind Singh wyjaśnił, że pragnął, by Panj Piare stali się początkiem nowego porządku, Khalsa („Czyści”, od perskiego khalisah, również oznaczającego „czysty”). Masandowie (z których wielu stało się kłótliwych lub skorumpowanych) mieli zostać wyeliminowani, a wszyscy Sikhowie, dzięki inicjacji w Khalsę, mieli być wierni bezpośrednio Guru. Gobind Singh rozpoczął następnie amrit sanskar („ceremonię nektaru”), służbę inicjacyjną dla Panj Piare. Kiedy obrzęd ten został zakończony, sam Guru został inicjowany przez Panj Piare. Zakon został następnie otwarty dla każdego, kto chciał się przyłączyć, a tradycja sikhijska podaje, że odpowiedziały na to ogromne tłumy.
Należy zauważyć, że wbrew przekonaniu wielu Sikhów, niektóre centralne cechy dzisiejszej Khalsy nie istniały w czasach Gobinda Singha. Na przykład, chociaż Guru wymagał, aby inicjowani w Khalsę nosili broń i nigdy nie obcinali włosów (tak, aby przynajmniej mężczyźni nigdy nie mogli zaprzeczyć swojej tożsamości jako Sikhowie Khalsy), noszenie „Pięciu K” -kes lub kesh (nieobcięte włosy), kangha (grzebień), kachha (krótkie spodnie), kara (stalowa bransoleta) i kirpan (ceremonialny miecz) – nie stało się obowiązkiem wszystkich Sikhów aż do powstania Singh Sabha, religijnego i edukacyjnego ruchu reformatorskiego z końca XIX i początku XX wieku. Sikhijska ceremonia ślubna, w której panna młoda i pan młody chodzą wokół Guru Granth Sahib, jest również nowoczesnym osiągnięciem, które zastąpiło zasadniczo hinduski obrządek, w którym panna młoda i pan młody chodzą wokół świętego ognia, przez Anand Marriage Act z 1909 roku. Imiona Singh („Lew”) dla mężczyzn Sikhów i Kaur („Księżniczka”) dla kobiet Sikhów, dawniej przyjmowane przy inicjacji do Khalsy, są obecnie nadawane wszystkim Sikhom podczas ceremonii narodzin i nadawania imion (patrz poniżej Obrzędy i święta). Wszystkie te zmiany zostały włączone do Rahit, sikhijskiego kodeksu wierzeń i postępowania, który osiągnął prawie ostateczną formę na początku XX wieku.
Guru Gobind Singh wierzył, że siły dobra i zła na świecie czasami wypadają z równowagi. Kiedy siły zła stają się zbyt wielkie, Akal Purakh interweniuje w ludzką historię, aby skorygować równowagę, używając konkretnych jednostek ludzkich jako swoich agentów. W czasach Gobinda Singha siły zła, reprezentowane przez Mogołów pod wodzą Aurangzeba, zyskały przewagę i zadaniem Gobinda Singha było, jak wierzył, przywrócenie równowagi. W służbie tej misji, Sikhowie byli usprawiedliwieni w wyciągnięciu miecza. Wyraził to przekonanie w Zafar-nama („Epistle of Victory”), liście, który skierował pod koniec życia do Augangzeba.
Wkrótce po utworzeniu Khalsy, Guru został zaatakowany przez innych wodzów Shiwalik w porozumieniu z mugolskim gubernatorem miasta Sirhind. W 1704 roku został zmuszony do wycofania się z Anandpur, tracąc dwóch ze swoich czterech synów w bitwie, która nastąpiła później. Dwaj pozostali synowie zostali wzięci do niewoli i dostarczeni do gubernatora Sirhind, który okrutnie wykonał je przez zamurowanie ich żywcem. Los tych dwojga dzieci do dziś jest dla Sikhów bolesną opowieścią.
Z Anandpur Gobind Singh uciekł do południowego Pendżabu, gdzie zadał klęskę swoim prześladowcom pod Muktsar. Następnie przeniósł się do Damdamy, pozostając tam do 1706 roku i, zgodnie z tradycją, zajmując się ostateczną rewizją Adi Granth. Kiedy Aurangzeb zmarł w 1707 roku, Gobind Singh zgodził się towarzyszyć następcy Aurangzeba, Bahādur Shāh, w podróży do południowych Indii. Przybywając do Nanded na brzegach rzeki Godavari w 1708 roku, został zamordowany przez agentów gubernatora Sirhind.
Guru Gobind Singh jest bez wątpienia beau ideal Sikhów. Ilustracje jego i Guru Nanaka są powszechnie spotykane w domach Sikhów. Jest on uważany za najwyższy wzór wszystkiego, czym powinien być Sikh z Khalsy (Gursikh). Jego odwaga jest podziwiana, jego szlachetność szanowana, jego dobroć głęboko czczona. Obowiązkiem każdego członka Khalsy jest zatem podążanie jego ścieżką i wykonywanie dzieł, które byłyby godne jego osoby.