Konwersja i służba
Konwersja Bunyana na purytanizm była procesem stopniowym w latach po jego małżeństwie (1650-55); jest ona dramatycznie opisana w jego autobiografii. Po początkowym okresie anglikańskiego konformizmu, w którym regularnie chodził do kościoła, porzucił, powoli i niechętnie, swoje ulubione rozrywki: taniec, bicie dzwonów i sport na wiejskiej zieleni i zaczął koncentrować się na swoim życiu wewnętrznym. Potem przyszły męczące, trwające przez kilka lat pokusy do duchowej rozpaczy. Burze” pokus, jak je nazywa, uderzały w niego z niemal fizyczną gwałtownością; głosy namawiały go do bluźnierstwa; teksty Pisma Świętego, które wydawały mu się grozić potępieniem, przybierały osobisty kształt i „szczypały go bardzo boleśnie”. Wreszcie pewnego ranka uwierzył, że poddał się tym głosom szatana i zdradził Chrystusa: „Upadłem jak ptak, który został zestrzelony z drzewa”. W swojej psychopatycznej izolacji prezentuje wszystkie cechy podzielonego umysłu osób nieprzystosowanych, tak jak były one analizowane w XX wieku. Bunyan miał jednak współczesne narzędzie psychologiczne do diagnozowania swojego stanu: teologię pastoralną XVII-wiecznego kalwinizmu, która interpretowała ponurą doktrynę wyboru i predestynacji w kategoriach rzeczywistych potrzeb dusz, dowodów duchowego postępu w nich oraz przymierza Bożej łaski. Obie techniki, ta nowoczesnego analityka i ta purytańskiego kaznodziei, mają wspólny cel odzyskania integralności jaźni; i to było to, co Bunyan osiągnął, gdy wyszedł z okresu duchowej ciemności, stopniowo zaczynając czuć, że jego grzech nie był „na śmierć” i że były teksty, które pocieszały, jak i przerażały. W powrocie do zdrowia pomógł mu związek z kościołem separatystów w Bedford i jego dynamicznym przywódcą, Johnem Giffordem. Do pełnej komunii przystąpił około 1655 roku.
Wspólnota w Bedford praktykowała chrzest dorosłych przez zanurzenie, ale był to kościół otwartej komunii, przyjmujący wszystkich, którzy wyznawali „wiarę w Chrystusa i świętość życia”. Bunyan szybko udowodnił swoje talenty jako świecki kaznodzieja. Będąc świeżo po własnych duchowych kłopotach, był zdolny do ostrzegania i pocieszania innych: „Sam chodziłem w kajdanach, by głosić im kazania, i nosiłem w sobie ten ogień w moim własnym sumieniu, którego przekonywałem ich, by się wystrzegali”. Był również aktywny w odwiedzaniu i napominaniu członków kościoła, ale jego główną działalnością w latach 1655-60 była kontrowersja z wczesnymi kwakrami, zarówno w debacie publicznej w górę i w dół miasteczek rynkowych Bedfordshire, jak i w jego pierwszych drukowanych dziełach, Some Gospel Truths Opened (1656) i A Vindication of Some Gospel Truths Opened (1657). Kwakrzy i baptyści z otwartą wspólnotą byli rywalami o religijną wierność „mechaników”, czyli drobnych handlarzy i rzemieślników, zarówno w mieście jak i na wsi. Bunyan wkrótce został uznany za przywódcę wśród sekciarzy.
Przywrócenie Karola II położyło kres 20-letniej historii, w której oddzielone kościoły cieszyły się wolnością wyznania i wywierały pewien wpływ na politykę rządu. 12 listopada 1660 roku, w Lower Samsell w South Bedfordshire, Bunyan został postawiony przed miejscowym sędzią i na mocy starej elżbietańskiej ustawy, oskarżony o odprawianie nabożeństwa niezgodnego z zasadami Kościoła Anglii. Odmówił on złożenia zapewnienia, że nie powtórzy tego wykroczenia, został skazany w styczniu 1661 roku i osadzony w więzieniu hrabstwa. Pomimo odważnych starań jego drugiej żony (ożenił się ponownie w 1659 r.), aby jego sprawa została podniesiona na assizes, pozostał w więzieniu przez 12 lat. Biografia z końca XVII w., dodana do wczesnych wydań Grace Abounding, ujawnia, że utrzymywał rodzinę, robiąc i sprzedając „długie koronki Tagg’d”; warunki więzienne były na tyle łagodne, że czasami wypuszczano go, by odwiedzał przyjaciół i rodzinę oraz przemawiał na spotkaniach.