A luta de libertação no Tanganica foi liderada pela União Nacional Africana do Tanganica, cuja bandeira era um tricolor horizontal de verde-preto-verde. As eleições confirmaram o esmagador apoio popular à organização, e as autoridades britânicas sugeriram a modificação da bandeira do partido para uso como bandeira nacional após a independência, em 9 de dezembro de 1961. Fimbriações amarelas foram adicionadas naquela época.
Arabaixo do domínio árabe Zanzibar tinha há muito uma bandeira vermelha, mas um regime negro africano chegou ao poder em 12 de janeiro de 1964, sob uma bandeira de preto, amarelo e azul. No mês seguinte, o partido governante Afro-Shirazi introduziu uma nova bandeira nacional semelhante à sua própria bandeira. As faixas horizontais azul-preto-verde representavam o mar, o povo e a terra, respectivamente, enquanto uma estreita faixa vertical branca no içamento era para a paz.
Em abril de 1964 os países de Tanganica e Zanzibar se uniram, e no início de julho suas tradições de bandeira foram fundidas para criar a nova bandeira nacional da Tanzânia. As cores das bandeiras foram incorporadas na diagonal para distinguir. A maioria da população do país é simbolizada pela faixa preta, enquanto que o verde sugere os ricos recursos agrícolas da terra. A riqueza mineral reflecte-se nas estreitas fronteiras amarelas, enquanto o Oceano Índico é simbolizado pelo azul. Depois de Zanzibar unida com Tanganica, a bandeira de Zanzibar continuou a ser utilizada localmente nessas ilhas.