Osvobozenecký boj v Tanganice vedla Africká národní unie Tanganika, jejíž vlajku tvořila horizontální trikolóra zeleno-černo-zelená. Volby potvrdily drtivou podporu této organizace ze strany obyvatelstva a britské úřady navrhly úpravu stranické vlajky pro použití jako národní vlajky po získání nezávislosti 9. prosince 1961. Tehdy byly přidány žluté fimbria.
Pod arabskou vládou Zanzibar dlouho vyvěšoval červenou vlajku, ale 12. ledna 1964 se k moci dostal černošský africký režim s černožlutomodrou vlajkou. Následující měsíc zavedla vládnoucí Afroširská strana novou státní vlajku podobnou své vlastní. Vodorovné modro-černo-zelené pruhy znamenaly v tomto pořadí moře, lid a zemi, zatímco úzký bílý svislý pruh na stožáru znamenal mír.
V dubnu 1964 se země Tanganika a Zanzibar sjednotily a počátkem července se jejich vlajkové tradice spojily a vznikla nová státní vlajka Tanzanie. Barvy vlajky byly pro odlišení začleněny diagonálně. Většinové obyvatelstvo země symbolizuje černý pruh, zatímco zelená barva naznačuje bohaté zemědělské zdroje země. Nerostné bohatství se odráží v úzkých žlutých hranicích, zatímco Indický oceán symbolizuje modrá barva. Po sjednocení Zanzibaru s Tanganikou se zanzibarská vlajka přesto na těchto ostrovech nadále místně používala.