Diagnose. Ein Mitglied der Brookesia minima-Gruppe, basierend auf der geringen Körpergröße (SVL,20 mm) und den molekularen phylogenetischen Beziehungen. Brookesia micra unterscheidet sich von allen anderen Mitgliedern der Gruppe durch eine kürzere relative Schwanzlänge (Schwanzlänge/SVL 0,37-0,49 versus 0,49-0,92) und durch orange gefärbte Schwänze im Leben der Erwachsenen (versus unauffällige bräunliche Farbe). Darüber hinaus unterscheidet sich B. confidens von B. dentata durch eine geringere Größe der adulten Männchen (SVL 15,1-15,3 mm vs. 18,3-20,1 mm), einen vorhandenen Supranasal-Zapfen (vs. fehlend) und einen Hemipenis mit kammartiger apikaler Struktur (vs. schmal ohne Ornamente); von B. dentata durch eine wahrscheinlich geringere adulte Körpergröße (keine Messungen der Männchen von B. dentata verfügbar); von B. exarmata durch eine geringere adulte Körpergröße (weibliche SVL 18.7-19.9 vs. 25.7-26.5, für B. exarmata sind keine Messungen der Männchen verfügbar); von B. karchei durch kleinere Größe (weibliche SVL 18.7-19.9 vs. 30.7, für B. karchei sind keine Messungen der Männchen verfügbar); supraokulärer Zapfen fehlt (vs. vorhanden); von B. minima durch Vorhandensein eines Beckenstachels (vs. fehlender oder undeutlicher Beckenstachel) und Hemipenis mit kammartiger Apikalstruktur (vs. ballonartig ohne Ornamente); von B. peyrierasi durch eine kleinere Größe des adulten Männchens (SVL 15,1-15,3 mm vs. 19,1-27,4 mm) und Hemipenis mit kammartiger Apikalstruktur (vs. zweilappig mit vier Stacheln auf jedem Lappen); von B. ramanantsoai durch eine geringere Größe des adulten Männchens (SVL 15,1-15,3 mm vs. 21,7 mm), einen fehlenden supraokularen Zapfen (vs. in einigen Exemplaren vorhanden) und einen Hemipenis mit kammartiger Apikalstruktur (vs. von B. tristis durch eine geringere Größe des erwachsenen Männchens (SVL 15,1-15,3 mm vs. 18,0- 18,2 mm), und Hemipenis mit kammartiger Apikalstruktur (vs. kleine Papillen auf dem Apex, die nicht kammartig angeordnet sind); und von B. tuberculata durch fehlenden supraokularen Zapfen (vs. vorhanden), und Hemipenis mit kammartiger Apikalstruktur (vs. kronenartige Struktur). Zur Unterscheidung von B. desperata, die weiter unten beschrieben wird, siehe die Diagnose dieser Art. Bezogen auf ein Fragment des 16S rRNA-Gens zeigt B. micra eine unkorrigierte paarweise Divergenz von 6,8 % zu seiner Schwestergruppe (B. tristis+B. desperata) und eine Divergenz von .7,2 % zu allen anderen Arten der B. minima-Gruppe.