Diagnostic. Membru al grupului Brookesia minima, pe baza dimensiunilor mici ale corpului (SVL,20 mm) și a relațiilor filogenetice moleculare. Brookesia micra se distinge de toți ceilalți membri ai grupului printr-o lungime relativă a cozii mai mică (lungime coadă/SVL 0,37-0,49 față de 0,49-0,92) și prin coada de culoare portocalie în timpul vieții la adulți (față de culoarea maronie discretă). În plus, față de B. confidens prin dimensiunea mai mică a masculului adult (SVL 15,1- 15,3 mm vs. 18,3-20,1 mm), con supranasal prezent (vs. absent) și hemipene cu structură apicală în formă de pieptene (vs. îngust fără ornamente); față de B. dentata prin dimensiunea probabil mai mică a corpului adult (nu sunt disponibile măsurători ale masculului B. dentata); față de B. exarmata prin dimensiunea mai mică a corpului adult (SVL femelă 18.7-19,9 vs. 25,7-26,5, nu există măsurători disponibile pentru B. exarmata la masculi); de la B. karchei prin dimensiuni mai mici (SVL femelă 18,7-19,9 vs. 30,7, nu există măsurători disponibile pentru B. karchei la masculi); con supraocular absent (vs. prezent); de la B. minima prin prezența unei coloane pelviene (vs. absentă sau indistinctă) și hemipene cu structură apicală în formă de pieptene (vs. prezentă); de la B. minima prin prezența unei coloane pelviene (vs. absentă sau indistinctă) și hemipene cu structură apicală în formă de pieptene (vs. prezentă). sub formă de balon fără ornamente); față de B. peyrierasi prin dimensiunea mai mică a masculului adult (SVL 15,1-15,3 mm vs. 19,1-27,4 mm) și hemipenis cu structură apicală în formă de pieptene (vs. bilobat cu patru spini pe fiecare lob); față de B. ramanantsoai prin dimensiunea mai mică a masculului adult (SVL 15,1-15,3 mm vs. 21,7 mm), conul supraocular absent (vs. prezent la unele exemplare) și hemipenisul cu structură apicală în formă de pieptene (vs. cu o structură apicală în formă de pieptene). de B. tristis prin dimensiunea mai mică a masculului adult (SVL 15,1-15,3 mm vs. 18,0-18,2 mm) și hemipenis cu structură apicală asemănătoare unui pieptene (vs. mici papile pe apex care nu sunt dispuse în formă de pieptene); și de B. tuberculata prin conul supraocular absent (vs. prezent) și hemipenis cu structură apicală asemănătoare unui pieptene (vs. structură asemănătoare unei coroane). Pentru o distincție față de B. desperata, descrisă mai jos, a se vedea diagnosticul acestei specii. Referindu-se la un fragment din gena ARNr 16S, B. micra prezintă o divergență pe perechi necorectată de 6,8% față de clada sa soră (B. tristis+B. desperata) și divergențe .7,2% față de toate celelalte specii din grupul B. minima.