Der Aufstieg der besonderen Schule des Neokonfuzianismus unter der Führung von Zhu Xi hat in diesem Zusammenhang eine besondere Bedeutung. Der neokonfuzianische Aufschwung, der in der späten Tang-Zeit begann, umfasste viele spannende Erweiterungen der klassischen Vision. Bemerkenswert ist die Entstehung einer neuen konfuzianischen Metaphysik während der Bei-Song-Zeit, die vom Buddhismus beeinflusst war und sich frei an die daoistische Terminologie anlehnte, während sie beide Religionen ablehnte. Von Bedeutung für die politischen und sozialen Verhältnisse der Nan-Song-Zeit war ihr kontinuierliches Wachstum zu einem gut integrierten philosophischen System, das Metaphysik, Ethik, soziale Ideale, politische Bestrebungen, individuelle Disziplin und Selbstkultivierung miteinander verband.
Die besten Denker des frühen Nan Song waren von der Erkenntnis desillusioniert, dass frühere neokonfuzianische Versuche gescheitert waren. Reformen, die auf die Anwendung der Staatskunst abzielten, endeten in Missbräuchen und Kontroversen. Die Verbreitung der Bildung war nicht mit einer Anhebung der moralischen Standards einhergegangen. Der Verlust der Zentralebene war ein großer kultureller Schock, aber von einer Rückgewinnung des verlorenen Territoriums zu sprechen, war sinnlos, wenn dem nicht eine Wiederentdeckung der wahren Bedeutung des Konfuzianismus vorausging. Für Zhu Xi und seine Anhänger wäre ein Staat, der von wahren konfuzianischen Praktiken durchdrungen wäre, innerlich so stark und würde eine solche Anziehungskraft auf Außenstehende ausüben, dass die Rückeroberung des Nordens nur minimale Anstrengungen erfordern würde; ein Staat ohne wahre konfuzianische Praktiken wäre innerlich so schwach und unattraktiv, dass die Rückeroberung der verlorenen Gebiete völlig unmöglich wäre.
Außerdem fühlten sich die Song durch die Übernahme desselben Erbes durch die Juchen bedroht und sahen sich gezwungen, einen exklusiven Anspruch auf Legitimität und Orthodoxie zu erheben. Ein solcher Anspruch erforderte, dass die neuen Abweichungen als Bekräftigung der alten Ideale interpretiert wurden. So wurde die intellektuelle Strömung, die sich unter der Führung von Zhu Xi entwickelte, zunächst als Daoxue („Schule des wahren Weges“) und später als Lixue („Schule der universellen Prinzipien“) bezeichnet. Für die Denker dieser Schule bedeutete Bildung eine weitreichende Selbstkultivierung des moralischen Bewusstseins, deren höchstes Ziel die innere Erfahrung des Einswerdens mit universellen Prinzipien war. Diese Männer, die man als transzendentale Moralisten des Konfuzianismus bezeichnen könnte, setzten sich auch für den Wiederaufbau einer moralischen Gesellschaft ein – für sie die einzig denkbare Grundlage für eine gute Regierung. Mit missionarischem Eifer setzten sie sich für die Verbreitung dieses wahren Weges ein und bildeten moralisch-intellektuelle Vereinigungen. Zhu Xi, der große Synthetisierer, ordnete die Klassiker in einem schrittweisen Lehrplan, interpretierte seine wichtigste Auswahl, die unter dem Namen Sishu („Vier Bücher“) bekannt ist, fasste eine monumentale Geschichte in einer Kurzfassung voller moralischer Urteile zusammen, bereitete weitere umfangreiche eigene Schriften und Sprüche vor und ebnete den Weg für einen elementaren Katechismus, der unter dem Titel Sanzijing („Drei-Charakter-Klassiker“) das gesamte Wertesystem dieser Schule in einfacher Sprache für eine annähernde Massenbildung vermittelte.
Viele idealistische Gelehrte strömten zu Zhu Xi, seinen Mitarbeitern und Schülern. Frustriert und entfremdet von den herrschenden Verhältnissen und den demoralisierenden niedrigen Standards, nahmen diese Intellektuellen einen eigentümlichen archaischen und halbreligiösen Lebensstil an. Sie nahmen eine herausragende Stellung in der Wissenschaft, im Bildungswesen und in der Gesellschaft ein und besetzten einige relativ unbedeutende Regierungsämter, wobei sie zum Missfallen vieler konventioneller Konfuzianer ihre exklusive ideologische Autorität mit einem Hauch von Überlegenheit behaupteten. Obwohl sie sich nicht für die Politik interessierten, war das Ansehen, das sie erlangten, eine implizite Bedrohung für die Machthaber. Der oberste Ratsherr Han Tuozhou war besonders beunruhigt, als er feststellte, dass einige seiner politischen Gegner mit dieser speziellen Schule sympathisierten und sie sogar unterstützten. Eine Reihe anderer Bürokraten verschiedener Ränge teilten die Besorgnis von Han; einer nach dem anderen beschuldigten sie die Schule, einer subversiven religiösen Sekte ähnlich zu sein, nannten sie eine Bedrohung für die Staatssicherheit und griffen ihre angebliche Missachtung des Gerichts an. Die Schule wurde als falsches Lernen und unkonfuzianisch geächtet. Mehrere Dutzend ihrer Leiter, darunter auch Zhu Xi, wurden verbannt, einige davon an weit entfernte Orte. Von nun an mussten alle Kandidaten für das Staatsexamen erklären, dass sie keine Verbindung zu dieser Schule hatten.
Die meisten historischen Darstellungen folgen der Ansicht, dass die Kontroverse ein weiteres Beispiel für Fraktionszwist war, aber das war nicht der Fall. Die Angreifer waren keine geschlossene Gruppe, abgesehen von ihren gemeinsamen Ressentiments gegenüber der Schule, und die Schule selbst war auch keine politisch aktive Gruppe. Vielmehr handelte es sich um einen Konflikt zwischen zwei polarisierten Ebenen – politischer Macht und ideologischer Autorität. Das Wesen des konfuzianischen Staates verlangte, dass diese beiden Ebenen zusammenkommen, wenn nicht sogar zusammenfallen sollten.
Die Verfolgung schlug fehl, indem sie die Opfer zu Helden machte und Sympathien bei neutralen Gelehrtenbeamten weckte. Als Han einige Jahre später seinen Fehler erkannte, hob er das Verbot auf. Die meisten historischen Darstellungen vermitteln den falschen Eindruck, dass die Zhu-Xi-Schule des Neokonfuzianismus nach der Aufhebung des Verbots durch ihre Vorrangstellung bald breite Akzeptanz fand, was sie fast automatisch in den begehrten Status der offiziellen Orthodoxie hob. In Wirklichkeit verlief der Aufstieg zur Orthodoxie jedoch langsam und wurde durch politische Manipulationen erreicht, die durch eine interne Krise der kaiserlichen Nachfolge und dann durch die externe Bedrohung durch die Mongolen ausgelöst wurden. Shi Miyuan, der oberste Ratsherr, der Lizong zum Kaiser machte, schuf Umstände, die den älteren Erben von Ningzong zum Selbstmord zwangen. Dies schadete dem Ansehen des Hofes und dem von Shi selbst. Um das Gleichgewicht der Bürokratie wiederherzustellen, setzte er einige altgediente Führer der Schule in prestigeträchtige Positionen ein.
Im Jahr 1233, dem Jahr vor der mongolischen Eroberung von Juchen, ehrten die Mongolen Konfuzius und bauten seinen Tempel in Peking wieder auf. Im Jahr 1237 führte ihr aufstrebendes Nomadenreich, das bereits einen großen Teil Nordchinas besetzt hatte, wieder eine Beamtenprüfung ein und behauptete damit, ebenfalls ein konfuzianischer Staat zu sein. Die Nan Song, die sowohl militärisch als auch kulturell bedroht waren, machten die Kommentare von Zhu Xi offiziell, seine Schule zur staatlichen Orthodoxie und ihre Behauptung zur akzeptierten Version – dass der wahre Weg des Konfuzius mehr als ein Jahrtausend lang verloren gegangen war und dass die Überlieferungslinie erst wieder aufgenommen wurde, als Zhu Xi sie, inspiriert von den frühen Bei Song-Meistern, wiederherstellte. Dies implizierte, dass der Konfuzianismus, den die Mongolen übernahmen, nur eine blasse Nachahmung und ohne Legitimität war.