El auge de la particular escuela del neoconfucianismo liderada por Zhu Xi adquiere un significado especial en este contexto. El auge neoconfuciano que comenzó a finales de los Tang abarcó muchas extensiones interesantes de la visión clásica. Durante los Bei Song, cabe destacar la aparición de una nueva metafísica confuciana influenciada por el budismo y que tomó prestada libremente la terminología taoísta, al tiempo que rechazaba ambas religiones. De relevancia para las condiciones políticas y sociales de Nan Song fue su continuo crecimiento en un sistema filosófico bien integrado que sintetizaba la metafísica, la ética, los ideales sociales, las aspiraciones políticas, la disciplina individual y el autocultivo.
Cortesía del Museo del Palacio Nacional, Taiwán, República de China
Los mejores pensadores de los primeros Nan Song se desilusionaron al darse cuenta de que los intentos neoconfucianos anteriores habían fracasado. Las reformas que habían tratado de aplicar el arte del estado habían acabado en abusos y controversias. La difusión de la educación no había coincidido con una elevación de las normas morales. La pérdida de las llanuras centrales fue un gran choque cultural, pero hablar de recuperar el territorio perdido era inútil si no iba precedido de un redescubrimiento del verdadero significado del confucianismo. Para Zhu Xi y sus seguidores, un estado impregnado de verdaderas prácticas confucianas sería tan fuerte internamente y tendría tal atractivo para los forasteros que recuperar el norte sólo requeriría un esfuerzo mínimo; un estado que careciera de verdaderas prácticas confucianas sería tan débil internamente y poco atractivo que recuperar los territorios perdidos sería bastante imposible.
Además, amenazados por la adopción de la misma herencia por parte de los Juchen, los Song se sintieron impulsados a reclamar en exclusiva tanto la legitimidad como la ortodoxia. Tal reivindicación exigía que las nuevas desviaciones se interpretaran como una reafirmación de los antiguos ideales. Así, la corriente intelectual que se desarrolló bajo el liderazgo de Zhu Xi se denominó primero Daoxue («Escuela del Camino Verdadero») y más tarde Lixue («Escuela de los Principios Universales»). La educación, para los pensadores de esta escuela, significaba un autocultivo más profundo de la conciencia moral, cuyo alcance último era la experiencia interior de sentirse uno con los principios universales. Estos hombres, que podrían describirse como moralistas trascendentales en el confucianismo, también se comprometieron a reconstruir una sociedad moral, para ellos el único fundamento concebible para un buen gobierno. Con un celo similar al de los misioneros, se dedicaron a propagar este verdadero camino y formaron asociaciones morales-intelectuales. Zhu Xi, el gran sintetizador, clasificó los clásicos en un plan de estudios paso a paso, interpretó sus principales elecciones, conocidas colectivamente como los Sishu («Cuatro libros»), resumió una historia monumental en una versión corta llena de juicios moralistas, preparó otros extensos escritos y dichos propios, y abrió el camino para un catecismo elemental, titulado el Sanzijing («Clásicos de tres caracteres»), que transmitía todo el sistema de valores de esta escuela en un lenguaje sencillo para lo que se aproximaba a la educación de masas.
Muchos eruditos idealistas acudieron a Zhu Xi, sus asociados y sus discípulos. Frustrados y alienados por las condiciones imperantes y el bajo nivel desmoralizador, estos intelectuales asumieron un peculiar estilo de vida arcaico y semirreligioso. Destacados en la erudición, las actividades educativas y el liderazgo social, y ocupando algunos puestos gubernamentales relativamente menores, hicieron valer su exclusiva autoridad ideológica con un aire de superioridad, para disgusto de muchos confucianos convencionales. Aunque no les gustaba la política, el prestigio que adquirían era una amenaza implícita para los gobernantes. El consejero jefe Han Tuozhou se alarmó especialmente cuando descubrió que algunos de sus adversarios políticos simpatizaban con esta escuela e incluso la apoyaban. Otros burócratas de distintos rangos compartieron la alarma de Han; uno tras otro, acusaron a la escuela de ser similar a una secta religiosa subversiva, calificándola de amenaza para la seguridad del Estado y atacando su supuesta falta de respeto a la corte. La escuela fue proscrita por falsa enseñanza y anticonfuciana. Varias docenas de sus líderes, incluido Zhu Xi, fueron desterrados, algunos a lugares lejanos. A partir de entonces, todos los candidatos a los exámenes estatales tuvieron que declarar que no tenían ninguna relación con la escuela.
La mayoría de los relatos históricos siguen la opinión de que la controversia fue otro ejemplo de lucha entre facciones, pero no fue así. Los atacantes no eran un grupo cohesionado, salvo por su resentimiento común hacia la escuela, ni la propia escuela era un grupo activo en política. El conflicto era, de hecho, uno entre dos niveles polarizados: el poder político y la autoridad ideológica. La naturaleza del Estado confuciano exigía que ambos convergieran, si no coincidían.
La persecución se convirtió en un bumerán al convertir en héroes a sus víctimas y despertar la simpatía de los funcionarios escolares neutrales. Al darse cuenta de su error unos años después, Han levantó la prohibición. La mayoría de los relatos históricos dejan la impresión errónea de que, una vez eliminada la prohibición, la escuela neoconfuciana de Zhu Xi, por su preeminencia, obtuvo pronto una amplia aceptación, que la elevó casi automáticamente al codiciado estatus de ortodoxia oficial. Pero, en realidad, el ascenso a la ortodoxia fue lento y se logró mediante la manipulación política, ocasionada por una crisis interna de sucesión imperial y luego por la amenaza externa de los mongoles. Shi Miyuan, el consejero principal que convirtió a Lizong en emperador, creó circunstancias que obligaron al heredero mayor de Ningzong a suicidarse. Esto perjudicó la imagen de la corte y la del propio Shi. Enmendando las asperezas políticas, colocó a algunos de los líderes veteranos de la escuela en puestos de prestigio para restablecer el equilibrio de la burocracia.
En 1233, el año anterior a la conquista mongola de Juchen, los mongoles honraron a Confucio y reconstruyeron su templo en Pekín. En 1237 su emergente imperio nómada, que ya ocupaba gran parte del norte de China, reinstauró un examen de servicio civil, afirmando así que también era un estado confuciano. Amenazados militar y culturalmente, los Nan Song convirtieron los comentarios de Zhu Xi en oficiales, su escuela en la ortodoxia del Estado y su reivindicación en la versión aceptada: que el verdadero camino de Confucio se había perdido durante más de un milenio y que la línea de transmisión no se reanudó hasta que, inspirado por los primeros maestros Bei Song, Zhu Xi lo restableció. Esto implicaba que cualquier confucianismo que los mongoles asumieran no era más que una pálida imitación y sin legitimidad.