La lucha por la liberación de Tanganica fue dirigida por la Unión Nacional Africana de Tanganica, cuya bandera era un tricolor horizontal verde-negro-verde. Las elecciones confirmaron el abrumador apoyo popular a la organización, y las autoridades británicas sugirieron modificar la bandera del partido para utilizarla como bandera nacional tras la independencia, el 9 de diciembre de 1961. En ese momento se añadieron fimbrias amarillas.
Bajo el dominio árabe, Zanzíbar había enarbolado durante mucho tiempo una bandera roja, pero un régimen africano negro llegó al poder el 12 de enero de 1964, con una bandera negra, amarilla y azul. Al mes siguiente, el partido gobernante Afro-Shirazi introdujo una nueva bandera nacional similar a la suya. Las franjas horizontales azul-negro-verde representaban el mar, el pueblo y la tierra, respectivamente, mientras que una estrecha franja vertical blanca en el izado representaba la paz.
En abril de 1964 los países de Tanganica y Zanzíbar se unieron, y a principios de julio sus tradiciones de bandera se fusionaron para crear la nueva bandera nacional de Tanzania. Los colores de la bandera se incorporaron en diagonal para darle un carácter distintivo. La población mayoritaria del país está simbolizada por la franja negra, mientras que el verde sugiere los ricos recursos agrícolas de la tierra. La riqueza mineral se refleja en los estrechos bordes amarillos, mientras que el océano Índico se simboliza con el azul. Tras la unión de Zanzíbar con Tanganica, la bandera de Zanzíbar siguió utilizándose localmente en esas islas.