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Las tres niñas Clemens recibieron clases en casa. Al principio, Livy se encargaba de la mayoría de las clases, pero más tarde contrató a tutores e institutrices para que les enseñasen a leer, escribir, historia, aritmética, literatura y ciencias. Clemens quería que leyeran libros en alemán antes que en inglés; su razón era que aprenderían inglés a pesar de todo y que sería más fácil para ellas aprender otros idiomas mientras eran jóvenes. Olivia contrató a una enfermera alemana que siempre conversaba con las niñas en alemán para que pudieran practicar sus habilidades. Las niñas también estudiaban piano, canto y baile social. Todas estas habilidades se esperaban de las jóvenes de clase media alta.
De adolescente Susy era propensa a sufrir ataques de depresión y otras enfermedades’ que limitaban algunas de sus actividades. Cuando tenía 13 años, Susy comenzó a escribir una biografía de su padre, incorporando historias familiares, cartas que él había escrito, artículos sobre él y sus propios pensamientos sobre su padre. Gran parte de los escritos de Susy se incluyen en los escritos autobiográficos de Mark Twain, donde éste conserva su gramática y ortografía y reflexiona sobre su versión de los hechos. (En la actualidad, las palabras de Susy pueden leerse en una impresionante versión para niños de su libro titulada El extraordinario Mark Twain (según Susy), de Barbara Kerley). Los niños se entretenían a sí mismos y a los amigos de la familia con juegos de charadas y representaban sus historias favoritas. Convirtieron El príncipe y el mendigo de su padre en una obra de teatro en la que Susy tenía un papel protagonista. La propia Susy escribió una obra llamada The Love Chase que ella, sus hermanas y sus amigos representaron en el salón de la casa.
Susy Clemens ingresó en el Bryn Mawr College, a las afueras de Filadelfia, en el otoño de 1890, pero no permaneció allí mucho tiempo. Los historiadores han especulado sobre las razones de su marcha’ pero la más fuerte es probablemente la de estar separada de su familia en tiempos difíciles. Sus dos abuelas murieron ese otoño y las niñas estaban especialmente unidas a la madre de Livy. Se cree que esa pérdida emocional’ y el empeoramiento de la situación económica de la familia’ fueron las principales razones por las que Susy regresó a casa.
En junio de 1891 la inversión de Mark Twain en la máquina tipográfica Paige se acercaba al fracaso’ y su empresa editorial’ Charles Webster and Company’ tenía problemas. La familia cerró la casa de Hartford y pasó la mayor parte de los siguientes cuatro años en Europa. Durante este tiempo, Susy se esforzó por convertirse en cantante de ópera, pero tampoco tuvo éxito. Cuando Clemens se vio obligado a dar la vuelta al mundo para recaudar fondos y pagar sus deudas en el verano de 1895, Susy no fue. Permaneció en Elmira, Nueva York, con la familia de su madre y su hermana menor, Jean.
Antes de que la familia se reuniera un año más tarde, Susy cayó enferma de meningitis espinal y murió en su casa de Hartford antes de que su madre pudiera regresar para estar con ella. Murió el 18 de agosto de 1896 a la edad de 24 años. Su familia nunca regresó a la casa de Hartford para vivir’ y fue vendida en 1903. Sus corazones rotos nunca se recuperarían del todo.