Diagnostic. Un membre du groupe Brookesia minima basé sur la petite taille du corps (SVL,20 mm) et les relations phylogénétiques moléculaires. Brookesia micra se distingue de tous les autres membres du groupe par une longueur de queue relative plus courte (longueur de la queue/LVS 0,37-0,49 contre 0,49-0,92), et par des queues de couleur orange à vie chez les adultes (contre une couleur brunâtre discrète). En outre, de B. confidens par une taille adulte mâle plus petite (SVL 15.1- 15.3 mm contre 18.3-20.1 mm), cône supranasal présent (contre absent), et hémipénis avec structure apicale en forme de peigne (contre étroit sans ornements) ; de B. dentata par une taille adulte probablement plus petite (aucune mesure de B. dentata mâle disponible) ; de B. exarmata par une taille adulte plus petite (SVL femelle 18.7-19.9 vs. 25.7-26.5, pas de mesures disponibles pour les mâles de B. exarmata) ; de B. karchei par une taille plus petite (SVL femelle 18.7-19.9 vs. 30.7, pas de mesures disponibles pour les mâles de B. karchei) ; cône supraoculaire absent (vs. présent) ; de B. minima par la présence d’une épine pelvienne (vs. épine pelvienne absente ou indistincte), et hémipénis avec une structure apicale en forme de peigne (vs. en forme de ballon sans ornements). en forme de ballon sans ornements) ; de B. peyrierasi par une taille adulte mâle plus petite (SVL 15.1-15.3 mm vs. 19.1-27.4 mm), et un hémipénis avec une structure apicale en forme de peigne (vs. bilobé avec quatre épines sur chaque lobe) ; de B. ramanantsoai par une taille plus petite des mâles adultes (SVL 15.1-15.3 mm vs. 21.7 mm), cône supraoculaire absent (vs. présent dans quelques spécimens), et hémipénis avec structure apicale en forme de peigne (vs. en forme de ballon sans ornements) ; de B. tristis par une taille adulte mâle plus petite (SVL 15.1-15.3 mm vs. 18.0- 18.2 mm), et un hémipénis avec une structure apicale en forme de peigne (vs. petites papilles sur l’apex non disposées en forme de peigne) ; et de B. tuberculata par un cône supraoculaire absent (vs. présent), et un hémipénis avec une structure apicale en forme de peigne (vs. structure en forme de couronne). Pour la distinction avec B. desperata, décrite ci-dessous, voir la diagnose de cette espèce. En se référant à un fragment du gène de l’ARNr 16S, B. micra présente une divergence par paire non corrigée de 6,8% par rapport à son clade frère (B. tristis+B. desperata), et des divergences ,7,2% par rapport à toutes les autres espèces du groupe B. minima.