A Zhu Xi által vezetett neokonfucianista iskola felemelkedése ebben az összefüggésben különleges jelentőséggel bír. A késő Tang-korban kezdődő neokonfuciánus fellendülés a klasszikus látásmód számos izgalmas kiterjesztését ölelte fel. Figyelemre méltó volt a Bei Song idején egy új konfuciánus metafizika megjelenése, amelyet a buddhizmus befolyásolt, és amely szabadon kölcsönzött a daoista terminológiából, miközben mindkét vallást elutasította. A Nan Song politikai és társadalmi viszonyai szempontjából fontos volt, hogy a konfuciánus filozófia folyamatosan egy jól integrált filozófiai rendszerré fejlődött, amely szintetizálta a metafizikát, az etikát, a társadalmi eszményeket, a politikai törekvéseket, az egyéni fegyelmet és az önművelést.
A Nemzeti Palotamúzeum, Tajvan, Kínai Köztársaság jóvoltából
A korai Nan Song legjobb gondolkodóit kiábrándította a felismerés, hogy a korábbi neokonfucianista kísérletek kudarcot vallottak. Az állameszményt alkalmazni kívánó reformok visszaélésekkel és vitákkal végződtek. Az oktatás elterjedése nem esett egybe az erkölcsi normák emelkedésével. A középső síkságok elvesztése nagy kulturális sokk volt, de az elvesztett terület visszaszerzéséről beszélni haszontalan volt, hacsak nem előzte meg a konfucianizmus valódi jelentésének újrafelfedezése. Zhu Xi és követői számára az igazi konfuciánus gyakorlatok által áthatott állam belsőleg olyan erős lenne, és olyan vonzerővel bírna a kívülállók számára, hogy az északi területek visszafoglalása csak minimális erőfeszítést igényelne; egy olyan állam, amelyből hiányoznak az igazi konfuciánus gyakorlatok, belsőleg olyan gyenge és vonzerőtlen lenne, hogy az elveszített területek visszafoglalása teljesen lehetetlen lenne.
Azzal a fenyegetéssel, hogy a jüanok ugyanezt az örökséget átvették, a Song úgy érezte, hogy a legitimitás és az ortodoxia iránti kizárólagos igényt is támasztania kell. Ez az igény megkövetelte, hogy az új eltéréseket az ősi eszmék megerősítéseként értelmezzék. Így a Zhu Xi vezetése alatt kialakult szellemi irányzatot először Daoxue (“Igaz Út Iskolája”), majd később Lixue (“Egyetemes Elvek Iskolája”) néven emlegették. Ennek az iskolának a gondolkodói számára a nevelés az erkölcsi tudat sokkal mélyebb önművelését jelentette, amelynek végső mértéke az egyetemes elvekkel való egységérzés belső megtapasztalása volt. Ezek az emberek, akiket a konfucianizmus transzcendentális moralistáinak nevezhetnénk, elkötelezték magukat az erkölcsös társadalom újjáépítése mellett is – számukra ez volt a jó kormányzás egyetlen elképzelhető alapja. Misszionáriushoz hasonló buzgalommal részt vettek ennek az igaz útnak a terjesztésében, és erkölcsi-értelmiségi közösségeket alakítottak. Zhu Xi, a nagy szintetizátor, lépésről lépésre tantervbe sorolta a klasszikusokat, értelmezte a legfontosabb választásait, amelyeket együttesen Sishu (“Négy könyv”) néven ismertek, egy monumentális történelmet foglalt össze egy rövid, erkölcsi ítéletekkel teli változatban, további terjedelmes saját írásokat és mondásokat készített, és utat nyitott egy elemi katekizmusnak, amelynek címe Sanzijing (“Három jellem klasszikusai”), és amely egyszerű nyelven közvetítette ennek az iskolának az egész értékrendjét a tömegoktatáshoz közelítő módon.
Sok idealista tudós özönlött Zhu Xihez, társaihoz és tanítványaihoz. Az uralkodó viszonyok és a demoralizálóan alacsony színvonal miatt frusztrált és elidegenedett értelmiségiek sajátos archaikus és félvallásos életmódot folytattak. A tudományosságban, az oktatási tevékenységekben és a társadalmi vezetésben kiemelkedő szerepet játszva, valamint néhány viszonylag kisebb kormányzati tisztséget betöltve a felsőbbrendűség látszatával érvényesítették kizárólagos ideológiai tekintélyüket, sok hagyományos konfuciánus nemtetszését kiváltva. Bár nem lelkesedtek a politikáért, az általuk megszerzett presztízs hallgatólagos fenyegetést jelentett a hatalmon lévők számára. Han Tuozhou főtanácsost különösen megrémítette, hogy politikai ellenfelei közül néhányan szimpatizáltak, sőt támogatták ezt a bizonyos iskolát. Számos más, különböző rangú bürokrata osztotta Han riadalmát; egymás után vádolták meg az iskolát azzal, hogy egy felforgató vallási szektához hasonlít, fenyegetésnek nevezték az állam biztonságára, és támadták az udvarral szembeni állítólagos tiszteletlenségét. Az iskolát hamis tanulásként és nem-konfuciánusként tiltották be. Több tucat vezetőjét, köztük Zhu Xi-t is száműzték, néhányukat távoli helyekre. Ettől kezdve minden államvizsga-jelöltnek nyilatkoznia kellett, hogy nincs kapcsolata az iskolával.
A legtöbb történelmi beszámoló azt a nézetet követi, hogy a vita a frakcióharc újabb példája volt, de nem ez volt a helyzet. A támadók nem alkottak összetartó csoportot, leszámítva az iskolával szembeni közös ellenszenvüket, és maga az iskola sem volt aktív politikai csoport. A konfliktus valójában két polarizált szint – a politikai hatalom és az ideológiai tekintély – között zajlott. A konfuciánus állam természete megkívánta, hogy a kettő közeledjen egymáshoz, ha nem is esett egybe.
Az üldözés azzal bumerángolt, hogy hősöket csinált az áldozatokból, és szimpátiát ébresztett a semleges tudós hivatalnokok körében. Néhány évvel később Han felismerte hibáját, és feloldotta a tilalmat. A legtöbb történelmi beszámoló azt a téves benyomást kelti, hogy miután a tilalmat feloldották, a neokonfucianizmus Zhu Xi iskolája előretörése révén hamarosan széles körű elfogadottságra tett szert, ami szinte automatikusan a hivatalos ortodoxia áhított státuszába emelte. A valóságban azonban az ortodoxiává válás lassú volt, és politikai manipulációval valósult meg, amelyet a császári utódlás belső válsága, majd a mongolok külső fenyegetése idézett elő. Shi Miyuan, a Lizongot császárrá tevő főtanácsos olyan körülményeket teremtett, amelyek Ningzong idősebbik örökösét öngyilkosságra kényszerítették. Ez ártott az udvar és maga Shi megítélésének. A politikai kerítéseket kijavítva, az iskola néhány veterán vezetőjét rangos pozíciókba helyezte, hogy helyreállítsa a bürokrácia egyensúlyát.
1233-ban, a mongolok Dzsucsen meghódítása előtti évben a mongolok Konfuciusz előtt tisztelegtek, és újjáépítették templomát Pekingben. 1237-ben feltörekvő nomád birodalmuk, amely már Észak-Kína nagy részét elfoglalta, újra bevezette a közszolgálati vizsgát, és ezzel azt állította, hogy ő is konfuciánus állam. A katonailag és kulturálisan egyaránt fenyegetett Nan Song Zhu Xi kommentárjait tette hivatalossá, iskoláját állami ortodoxiává, állítását pedig elfogadottá – hogy Konfuciusz igaz útja több mint egy évezredre elveszett, és hogy az átadás útja csak akkor indult újra, amikor a korai Bei Song mesterek által inspirálva Zhu Xi visszaállította azt. Ez azt jelentette, hogy bármilyen konfucianizmust is vettek át a mongolok, az csak halvány utánzat volt, és nem volt legitimitása.