方法
古典的なEMSAプロトコルには大きく4段階がある。 1) 細胞からタンパク質を単離する。 1) 細胞からタンパク質を分離する。活性なDNA結合タンパク質の大部分は核内に存在するため、精製された核タンパク質を得るための連続的な膜溶解プロトコルが使用される。 2) DNAプローブの作製と放射性同位元素の同定。 T4ポリヌクレオチドキナーゼの基質として32P-γATPを用い、DNAプローブの5′末端にリン32（32P）を結合させる。 DNAプローブは、購入することも、カスタムメイドすることもできる。 3) 精製タンパク質と放射性同位元素で標識した DNA プローブは、タンパク質と DNA プローブの結合を促進するために EMSA 結合バッファーと一緒にインキュベートされる。 スーパーシフトEMSAを行う場合、反応液には選択抗体も含まれ、タンパク質-DNA複合体に結合すると、ゲル内でさらに遅延が生じる。 4) DNA-タンパク質複合体を非変性ポリアクリルアミドゲルにロードし、DNA-タンパク質複合体と遊離のDNAプローブを分離させる。 ポリアクリルアミドゲルはその後乾燥され、オートラジオグラフィーで分析される。