Métodos
El protocolo clásico de EMSA tiene 4 pasos principales: 1) El aislamiento de las proteínas de las células. Dado que la gran mayoría de las proteínas de unión al ADN activas están presentes en el núcleo, se utiliza un protocolo de lisis de membrana secuencial que produce proteínas nucleares purificadas. 2) Fabricación y radiomarcado de la sonda de ADN. El fósforo 32 (32P) se une a los extremos 5′ de la sonda de ADN mediante el uso de 32P-γATP como sustrato para la polinucleótido quinasa T4. Las sondas de ADN pueden comprarse o hacerse a medida. 3) Las proteínas purificadas y las sondas de ADN radiomarcadas se coincuban con un tampón de unión de EMSA para promover la unión de las proteínas con la sonda de ADN. Si se lleva a cabo un EMSA de superdesplazamiento, la reacción también contiene un anticuerpo selectivo que, al unirse a los complejos proteína-ADN, provoca un mayor retardo dentro del gel. 4) Los complejos ADN-proteína se cargan y se corren en un gel de poliacrilamida no desnaturalizante que provoca la separación de los complejos ADN-proteína de las sondas de ADN libres. Los geles de poliacrilamida se secan y se analizan mediante autorradiografía.