De bevrijdingsstrijd in Tanganyika werd geleid door de Tanganyika African National Union, waarvan de vlag een horizontale driekleur was van groen-zwart-groen. Verkiezingen bevestigden de overweldigende steun van de bevolking voor de organisatie, en de Britse autoriteiten stelden voor om de partijvlag te wijzigen voor gebruik als nationale vlag na de onafhankelijkheid op 9 december 1961. Onder Arabisch bewind had Zanzibar lange tijd een rode vlag gevoerd, maar op 12 januari 1964 kwam een zwart Afrikaans bewind aan de macht onder een vlag van zwart, geel en blauw. De volgende maand voerde de regerende Afro-Shirazi Partij een nieuwe nationale vlag in die leek op haar eigen vlag. De horizontale blauw-zwart-groene strepen stonden respectievelijk voor de zee, het volk en het land, terwijl een smalle witte verticale streep in de hijs de vrede voorstelde.
In april 1964 verenigden de landen Tanganyika en Zanzibar zich, en begin juli werden hun vlagtradities samengevoegd tot de nieuwe nationale vlag van Tanzania. De kleuren van de vlag werden diagonaal opgenomen voor onderscheidend vermogen. De meerderheid van de bevolking van het land wordt gesymboliseerd door de zwarte streep, terwijl groen de rijke landbouwvoorraden van het land suggereert. De minerale rijkdom wordt weerspiegeld in de smalle gele grenzen, terwijl de Indische Oceaan wordt gesymboliseerd door blauw. Na de vereniging van Zanzibar met Tanganyika bleef de vlag van Zanzibar niettemin plaatselijk op deze eilanden in gebruik.