Metode
Protocolul EMSA clasic are 4 etape majore: 1) Izolarea proteinelor din celule. Deoarece marea majoritate a proteinelor active de legare a ADN-ului sunt prezente în interiorul nucleului, se utilizează un protocol secvențial de liză a membranelor, care permite obținerea de proteine nucleare purificate. 2) Fabricarea și radiomarcarea sondei de ADN. Fosforul 32 (32P) este atașat la capetele 5′ ale sondei de ADN prin utilizarea de 32P-γATP ca substrat pentru polinucleotid kinaza T4. Sondele de ADN pot fi atât achiziționate, cât și fabricate la comandă. 3) Proteinele purificate și sondele de ADN radiomarcate sunt co-incubate cu un tampon de legare EMSA pentru a favoriza legarea proteinelor cu sonda de ADN. În cazul în care se efectuează un EMSA supershift, reacția conține, de asemenea, un anticorp selectiv care, atunci când se leagă de complexele proteină-ADN, provoacă o întârziere suplimentară în cadrul gelului. 4) Complecșii ADN-proteine se încarcă și se rulează pe un gel de poliacrilamidă nedenaturant care determină separarea complexelor ADN-proteine de sondele ADN libere. Gelurile de poliacrilamidă sunt apoi uscate și analizate prin autoradiografie.
.