Ascensiunea școlii particulare de neoconfucianism condusă de Zhu Xi capătă o semnificație specială în acest context. Ascensiunea neo-confucianistă care a început la sfârșitul perioadei Tang a îmbrățișat multe extensii interesante ale viziunii clasice. Demnă de remarcat în timpul Bei Song a fost apariția unei noi metafizici confucianiste care a fost influențată de budism și care a împrumutat liber din terminologia taoistă, respingând în același timp ambele religii. Relevantă pentru condițiile politice și sociale din Nan Song a fost creșterea sa continuă într-un sistem filosofic bine integrat care sintetiza metafizica, etica, idealurile sociale, aspirațiile politice, disciplina individuală și cultivarea sinelui.
Cei mai buni gânditori de la începutul lui Nan Song au fost dezamăgiți de constatarea că încercările neoconfucianiste anterioare au eșuat. Reformele care încercaseră să aplice tehnica de stat se terminaseră în abuzuri și controverse. Răspândirea educației nu coincisese cu o înălțare a standardelor morale. Pierderea câmpiilor centrale a fost un mare șoc cultural, dar a vorbi despre recuperarea teritoriului pierdut era inutilă dacă nu era precedată de o redescoperire a adevăratei semnificații a confucianismului. Pentru Zhu Xi și adepții săi, un stat impregnat de adevăratele practici confucianiste ar fi atât de puternic pe plan intern și ar avea o asemenea atracție pentru străini încât recucerirea nordului ar necesita doar un efort minim; un stat lipsit de adevăratele practici confucianiste ar fi atât de slab pe plan intern și neatractiv încât recucerirea teritoriilor pierdute ar fi cu totul imposibilă.
În plus, amenințați de adoptarea de către Juchen a aceleiași moșteniri, Songii s-au simțit îndemnați să revendice exclusiv atât legitimitatea, cât și ortodoxia. O astfel de pretenție presupunea ca noile plecări să fie interpretate ca o reafirmare a idealurilor străvechi. Astfel, curentul intelectual care s-a dezvoltat sub conducerea lui Zhu Xi a fost denumit mai întâi Daoxue („Școala Căii Adevărate”) și mai târziu Lixue („Școala Principiilor Universale”). Educația, pentru gânditorii acestei școli, însemna o autocultivare mult mai profundă a conștiinței morale, a cărei ultimă măsură era experiența interioară de a se simți în armonie cu principiile universale. Acești oameni, care ar putea fi descriși drept moraliști transcendentali în confucianism, și-au luat, de asemenea, angajamentul de a reconstrui o societate morală – pentru ei, singura bază imaginabilă pentru o bună guvernare. Cu un zel asemănător cu cel al misionarilor, ei s-au angajat în propagarea acestei căi adevărate și au format asociații moral-intelectuale. Zhu Xi, marele sintetizator, a ierarhizat clasicii într-un program de învățământ pas cu pas, a interpretat cele mai importante alegeri ale sale, cunoscute colectiv sub numele de Sishu („Patru cărți”), a rezumat o istorie monumentală într-o versiune scurtă plină de judecăți moraliste, a pregătit alte scrieri și ziceri ample ale sale și a deschis calea pentru un catehism elementar, intitulat Sanzijing („Clasicii celor trei caractere”), care a transmis întregul sistem de valori al acestei școli într-un limbaj simplu pentru ceea ce se apropia de o educație de masă.
Mulți savanți idealiști s-au înghesuit la Zhu Xi, la asociații săi și la discipolii săi. Frustrați și înstrăinați de condițiile predominante și de standardele scăzute demoralizatoare, acești intelectuali și-au asumat un stil de viață arhaic și semireligios deosebit. Proeminenți în domeniul studiilor, al activităților educaționale și al conducerii sociale și ocupând unele posturi guvernamentale relativ minore, ei și-au afirmat autoritatea ideologică exclusivă cu un aer de superioritate, spre nemulțumirea multor confuciani convenționali. Deși nu erau pasionați de politică, prestigiul pe care l-au dobândit a reprezentat o amenințare implicită pentru cei aflați la putere. Consilierul șef Han Tuozhou a fost deosebit de alarmat atunci când a descoperit că unii dintre adversarii săi politici simpatizau și chiar susțineau această școală particulară. O serie de alți birocrați de diferite grade au împărtășit alarma lui Han; unul după altul, aceștia au acuzat școala de asemănare cu o sectă religioasă subversivă, numind-o o amenințare la adresa securității statului și atacând presupusa ei lipsă de respect față de instanță. Școala a fost proscrisă ca fiind de învățare falsă și neconfucianistă. Câteva zeci dintre liderii săi, inclusiv Zhu Xi, au fost exilați, unii în locuri îndepărtate. De atunci încolo, toți candidații la examenele de stat trebuiau să declare că nu aveau nicio legătură cu școala.
Majoritatea relatărilor istorice urmează opinia că această controversă a fost un alt exemplu de luptă între facțiuni, dar nu a fost așa. Atacatorii nu erau un grup coeziv, cu excepția resentimentelor lor comune față de școală, și nici școala însăși nu era un grup activ în politică. Conflictul era, de fapt, unul între două niveluri polarizate – puterea politică și autoritatea ideologică. Natura statului confucianist impunea ca cele două să fie convergente, dacă nu să coincidă.
Persecuția a avut un efect de bumerang, transformând victimele în eroi și stârnind simpatie în rândul oficialilor-școlari neutri. Realizându-și greșeala câțiva ani mai târziu, Han a ridicat interdicția. Cele mai multe relatări istorice lasă impresia eronată că, odată ce interdicția a fost ridicată, școala de neoconfucianism Zhu Xi, prin preeminența sa, a dobândit în curând o largă acceptare, ceea ce a ridicat-o aproape automat la statutul râvnit de ortodoxie oficială. Dar, în realitate, ascensiunea spre ortodoxie a fost lentă și s-a realizat prin manipulare politică, ocazionată de o criză internă de succesiune imperială și apoi de amenințarea externă a mongolilor. Shi Miyuan, consilierul principal care l-a făcut împărat pe Lizong, a creat circumstanțe care l-au forțat pe moștenitorul mai în vârstă al lui Ningzong să se sinucidă. Acest lucru a fost dăunător pentru imaginea curții și pentru cea a lui Shi însuși. Reparând gardurile politice, el a plasat câțiva dintre liderii veterani ai școlii în poziții de prestigiu pentru a restabili echilibrul birocrației.
În 1233, cu un an înainte de cucerirea mongolă a Juchenului, mongolii l-au onorat pe Confucius și i-au reconstruit templul din Beijing. În 1237, imperiul lor nomadic emergent, care ocupa deja o mare parte din nordul Chinei, a reinstituit un examen pentru serviciul civil, afirmând astfel că și el este un stat confucianist. Amenințat atât din punct de vedere militar, cât și cultural, Nan Song a oficializat comentariile lui Zhu Xi, a făcut din școala sa ortodoxia de stat, iar afirmația sa a devenit versiunea acceptată – că adevărata cale a lui Confucius se pierduse de mai bine de un mileniu și că linia de transmitere nu a fost reluată decât atunci când, inspirat de primii maeștri Bei Song, Zhu Xi a restabilit-o. Acest lucru implica faptul că orice confucianism preluat de mongoli nu era decât o palidă imitație și fără legitimitate.
.