Hästen i Sydamerika härstammar från hästar som fördes till västra halvklotet av spanjorerna med andalusiska och andra iberiska blodslinjer. I den södra delen av kontinenten utvecklades ett betydande antal av dessa hästar under geografiskt isolerade förhållanden och i mitten av 1800-talet fanns det ett antal mindre, inavlade djur i Mapuche-besättningarna i södra Buenos Aires-provinsen i Olavarría, Argentina. Falabellahästen utvecklades ursprungligen i Argentina från lokala hästar av Criollo-stam, med början 1868 med Patrick Newtalls avelsprogram. När Newtall dog övergick besättningen och avelsmetoderna till Newtalls svärson Juan Falabella. Juan lade till ytterligare blodslinjer, bland annat Welsh Pony, Shetlandsponny och små fullblodshästar. Med betydande inavel kunde han få en konsekvent liten storlek inom besättningen.
Från och med 1940-talet började en ättling, Julio C. Falabella, skapade ett formellt rasregister, Establecimientos Falabella, numera Asociación de Criadores de Caballos Falabella (Falabella Horse Breeders Association), och arbetade för att standardisera rasen så att den uppnådde en jämn höjd, och först uppnådde han en genomsnittlig storlek på mindre än 100 cm. Senare utvecklade uppfödarna den moderna standarden, en hästras med en genomsnittlig höjd på cirka 76 cm.