Efter Tegh Bahadurs död tog Guru Gobind Singh (1666-1708), den viktigaste av alla guruer med undantag för guru Nanak, över ledningen av sikherna. Gobind Rai, vars namn ändrades till Gobind Singh möjligen vid tiden för skapandet av Khalsa, föddes i Patna som enda barn till guru Tegh Bahadur. Vid fem års ålder fördes han till Anandpur och utbildades i sanskrit och persiska samt i poesi och krigföring. Aurangzebs avrättning av hans far i Delhi måste ha gjort ett djupt intryck på barnet. Under flera år efter det att han hade blivit guru fortsatte han sin utbildning i Shiwalikbergen. Han växte upp till manlighet som härskare över en liten Shiwalik-stat, deltog i olika krig mot andra Shiwalik-hövdingar och visade särskild glädje över jaktsporten.
Enligt sikhtraditionen hölls en mässa i Anandpur på Baisakhi-dagen (det indiska nyåret) i slutet av 1600-talet (det exakta året är osäkert, men det var troligen 1699), och alla sikher beordrades att delta. Guru höll sig gömd tills festligheterna var på sin höjdpunkt, då han plötsligt dök upp ur ett tält med ett dragit svärd och krävde huvudet på en av sina lojala anhängare. Genast blev folkmassan tyst och undrade vad som hade hänt. Guru upprepade ordern och till slut anmälde sig Daya Singh frivilligt och fördes bakom en skärm för att skickas iväg. Gobind Singh dök sedan upp igen, med sitt svärd droppande av blod, och krävde ett andra offer. Även han eskorterades bakom skärmen, och återigen kunde man höra svärdets ljud. På detta sätt gick fem lojala sikher med på att dö för sin herre. När han uppenbarligen hade avlivat den femte avlägsnades skärmen, och alla fem såg man att de var mycket levande. Vid deras fötter låg fem slaktade getter. De fem frivilliga blev Panj Piare, de ”kära fem”, som hade bevisat att deras lojalitet stod utom allt tvivel.
Guru Gobind Singh förklarade att han önskade att Panj Piare skulle bli början på en ny ordning, Khalsa (”de rena”, från persiskans khalisah, som också betyder ”ren”). Masanderna (av vilka många hade blivit grälsjuka eller korrupta) skulle elimineras, och alla sikher skulle genom sin initiering i Khalsa vara skyldiga lojalitet direkt till gurun. Gobind Singh inledde sedan amrit sanskar (”nektarceremoni”), invigningstjänsten för Panj Piare. När ritualen var avslutad invigdes gurun själv av Panj Piare. Orden öppnades sedan för alla som ville ansluta sig, och sikhtraditionen rapporterar att enorma folkmassor svarade.
Det bör noteras att, i motsats till vad många sikher tror, fanns vissa centrala inslag i dagens Khalsa inte på Gobind Singhs tid. Även om gurun krävde att de som invigdes i Khalsa skulle bära vapen och aldrig klippa håret (så att åtminstone männen aldrig skulle kunna förneka sin identitet som Khalsa-sikher), var det till exempel inte tillåtet att bära de ”fem K:na” -kes eller kesh (oklippt hår), kangha (kam), kachha (korta byxor), kara (stålarmband) och kirpan (ceremoniellt svärd) – blev inte en skyldighet för alla sikher förrän Singh Sabha, en religiös och utbildningsmässig reformrörelse i slutet av 1800-talet och början av 1900-talet, grundades. Sikhbröllopsceremonin, där bruden och brudgummen går runt Guru Granth Sahib, är också en modern utveckling som ersatte den i huvudsak hinduiska riten, där bruden och brudgummen går runt en helig eld, genom Anand Marriage Act från 1909. Namnen Singh (”lejon”) för sikhiska män och Kaur (”prinsessa”) för sikhiska kvinnor, som tidigare antogs vid invigningen i Khalsa, ges nu till alla sikher vid en födelse- och namngivningsceremoni (se nedan Riter och festivaler). Alla dessa förändringar har införlivats i Rahit, sikhernas tros- och uppförandekod, som nådde nästan sin slutliga form i början av 1900-talet.
Guru Gobind Singh trodde att de goda och onda krafterna i världen ibland hamnar ur balans. När ondskans krafter blir för stora ingriper Akal Purakh i mänsklighetens historia för att korrigera balansen och använder särskilda mänskliga individer som sina ombud. På Gobind Singhs tid hade ondskans krafter, som representerades av mogalerna under Aurangzeb, vunnit överhanden, och Gobind Singh ansåg att det var hans uppgift att rätta till balansen. För att fullfölja detta uppdrag var det motiverat för sikherna att dra svärdet. Han uttryckte denna övertygelse i Zafar-nama (”Epistle of Victory”), ett brev som han i slutet av sitt liv riktade till Augangzeb.
Snart efter skapandet av Khalsa attackerades gurun av andra shiwalikhövdingar i förbund med mogulguvernören i staden Sirhind. År 1704 tvingades han dra sig tillbaka från Anandpur och förlorade två av sina fyra söner i det efterföljande slaget. De två återstående sönerna togs till fånga och överlämnades till guvernören i Sirhind, som grymt avrättade dem genom att mura upp dem levande. Dessa två barns öde har förblivit en plågsam historia för sikherna ända sedan dess.
Från Anandpur flydde Gobind Singh till södra Punjab, där han tillfogade sina förföljare ett nederlag vid Muktsar. Han flyttade sedan vidare till Damdama och stannade där fram till 1706, där han enligt traditionen ägnade sig åt den slutliga revideringen av Adi Granth. När Aurangzeb dog 1707 gick Gobind Singh med på att följa med Aurangzebs efterträdare Bahādur Shāh till södra Indien. När han anlände till Nanded på Godavari-flodens stränder 1708 mördades han av agenter till guvernören i Sirhind.
Guru Gobind Singh är utan tvekan sikhernas beau ideal. Illustrationer av honom och av Guru Nanak är vanliga i sikhernas hem. Han betraktas som det högsta exemplet på allt som en sikh i Khalsa (en gursikh) bör vara. Hans mod beundras, hans adel uppskattas och hans godhet vördas djupt. Varje Khalsa-medlem har därför som plikt att följa hans väg och utföra gärningar som är värdiga honom.