Isaias Afwerki, Afwerki även stavat Afewerki, (född 2 februari 1946 i Asmara, Eritrea), eritreansk självständighetsledare och president i Eritrea från 1993.
När Isaias föddes 1946 i Asmara stod staden under brittisk kontroll enligt FN-mandat. Eritrea självt federerades till Etiopien 1952 och annekterades med tvång tio år senare. Denna annektering sporrade bildandet av Eritreas befrielsefront (ELF) i Eritreas västra lågland. Isaias studerade teknik i Etiopien vid universitetet i Addis Abeba, men han lämnade universitetet 1966 för att ansluta sig till ELF. Under Etiopiens egen revolution 1974 ledde Isaias den höglandsdominerade Eritreanska folkets befrielsefront (EPLF). År 1987 valdes han till generalsekreterare för EPLF. Efter år av militär kamp besegrade EPLF etiopiska trupper i maj 1991. En provisorisk regering tillsattes med Isaias i spetsen, och en folkomröstning om eritreansk självständighet från Etiopien planerades för framtiden.
Eritréerna röstade med överväldigande majoritet för självständighet i folkomröstningen, som hölls i april 1993. Månaden därpå valdes Isaias av nationalförsamlingen till Eritreas president samt till ordförande för ovannämnda organ, vilket gav honom kontroll över både den verkställande och lagstiftande delen av regeringen. Den 24 maj proklamerade han officiellt Eritreas självständighet.
Under de följande åren befäste Isaias successivt sin makt över praktiskt taget alla aspekter av det eritreanska livet och fungerade dessutom som överbefälhavare för armén och som ordförande för landets enda politiska parti, Folkfronten för demokrati och rättvisa (PFDJ), som EPLF döpte om sig 1994. Han ställde in 1997 års presidentval och 2001 stängde han praktiskt taget den nationella pressen. Samma år lät han flera framstående oppositionsledare arresteras och anklagas för förräderi. Kritiker av hans regim anklagade honom för att använda en långvarig gränstvist med Etiopien för att undvika att genomföra Eritreas konstitution, som hade ratificerats 1997, och för andra repressiva åtgärder i landet. Ytterligare en gränstvist, den här gången med Djibouti, bröt ut 2008.
Isaias fortsatte att leda ett land som blev alltmer förtryckt och isolerat och där levnadsförhållandena blev allt värre. FN-rapporter som släpptes 2015 och 2016 redogjorde i detalj för de påstådda kränkningar av de mänskliga rättigheterna som Isaias regim begått och kallade vissa av dem för brott mot mänskligheten. Resultaten i rapporterna fördömdes av Isaias regering.
Isaias övervakade en oväntad omvandling av landets omstridda relationer med Etiopien under 2018. Uppsökande åtgärder från Etiopiens nya premiärminister, Abiy Ahmed, i juni om att avsluta det långvariga gränskriget mellan länderna ledde till en uppsjö av diplomatiska aktiviteter, inklusive ömsesidiga besök av Isaias och Abiy i juli. Diplomatiska och kommersiella förbindelser mellan Etiopien och Eritrea återupprättades, och den 9 juli utfärdade de båda ledarna ett gemensamt uttalande där de förklarade att krigstillståndet mellan deras länder var över. Med tanke på att Isaias länge hade använt konflikten med Etiopien som en ursäkt för de repressiva förhållandena i sitt land, undrade många hur de senaste förändringarna skulle påverka eritreanernas liv.