Omvändelse och tjänst
Bunyans omvändelse till puritanismen var en gradvis process under åren efter hans äktenskap (1650-55); den beskrivs dramatiskt i hans självbiografi. Efter en inledande period av anglikansk konformitet där han gick regelbundet i kyrkan, gav han långsamt och motvilligt upp sina favoritsysselsättningar som dans, klockringning och sport på byns grönområde och började koncentrera sig på sitt inre liv. Sedan kom plågsamma frestelser till andlig förtvivlan som varade i flera år. Frestelsens ”stormar”, som han kallar dem, slog mot honom med nästan fysiskt våld; röster uppmanade honom att häda; bibeltexter, som tycktes hota med fördömelse, tog personlig form och ”klämde honom väldigt hårt”. Slutligen en morgon trodde han att han hade gett efter för dessa Satans röster och förrått Kristus: ”Jag föll ner som en fågel som skjutits från trädet”. I sin psykopatiska isolering uppvisar han alla drag av det splittrade sinnet hos de missanpassade så som de har analyserats under 1900-talet. Bunyan hade dock ett samtida psykologiskt instrument för att diagnostisera sitt tillstånd: den pastorala teologin inom 1600-talets kalvinism, som tolkade den dystra läran om val och predestination i termer av själarnas verkliga behov, bevisen på andliga framsteg hos dem och förbundet av Guds nåd. Båda metoderna, den moderna analytikerns och den puritanske predikantens, har det gemensamt att de syftar till att återfå självets integritet, och detta var vad Bunyan uppnådde när han från sin period av andligt mörker gradvis började känna att hans synd ”inte var till döden” och att det fanns texter som kunde trösta såväl som skrämma. Han fick hjälp i sitt tillfrisknande genom sitt umgänge med Bedfords separatistiska kyrka och dess dynamiska ledare John Gifford. Han gick in i full gemenskap omkring 1655.
Bedfordkyrkan praktiserade vuxendop genom nedsänkning, men det var en kyrka med öppen gemenskap som tog emot alla som bekände ”tro på Kristus och ett heligt liv”. Bunyan visade snart sina talanger som lekmannapredikant. Han var frisk från sina egna andliga bekymmer och var därför lämpad att varna och trösta andra: ”Jag gick själv i kedjor för att predika för dem i kedjor och bar den eld i mitt eget samvete som jag övertalade dem att akta sig för”. Han var också aktiv när det gällde att besöka och förmana kyrkans medlemmar, men hans huvudsakliga aktivitet 1655-60 var kontroverser med de tidiga kväkare, både i offentliga debatter upp och ner i marknadsstäderna i Bedfordshire och i hans första tryckta verk, Some Gospel Truths Opened (1656) och A Vindication of Some Gospel Truths Opened (1657). Kväkare och baptister med öppen gemenskap var rivaler om den religiösa lojaliteten hos ”mekanikerna”, eller småhandlare och hantverkare, i både stad och land. Bunyan blev snart erkänd som en ledare bland sekteristerna.
Den restaurering av Charles II satte punkt för de 20 år under vilka de separerade kyrkorna hade åtnjutit religionsfrihet och utövat ett visst inflytande på regeringens politik. Den 12 november 1660, i Lower Samsell i södra Bedfordshire, ställdes Bunyan inför en lokal domare och anklagades enligt en gammal elisabetansk lag för att ha hållit en gudstjänst som inte överensstämde med den engelska kyrkans. Han vägrade att ge en försäkran om att han inte skulle upprepa förseelsen, dömdes i Assizes i januari 1661 och sattes i fängelse i länets fängelse. Trots hans andra hustrus modiga ansträngningar (han hade gift om sig 1659) för att få hans fall upp i assisen förblev han i fängelse i 12 år. En biografi från slutet av 1600-talet, som lades till i de tidiga upplagorna av Grace Abounding, avslöjar att han försörjde sin familj genom att tillverka och sälja ”långa Tagg’d-knyten”. Fängelseförhållandena var tillräckligt milda för att han ibland skulle släppas ut för att besöka vänner och familj och för att tala vid möten.