Diagnostika. Člen skupiny Brookesia minima na základě malé velikosti těla (SVL,20 mm) a molekulárně fylogenetických vztahů. Brookesia micra se od všech ostatních členů skupiny odlišuje kratší relativní délkou ocasu (délka ocasu/SVL 0,37-0,49 oproti 0,49-0,92) a oranžovým zbarvením ocasu v dospělosti (oproti nenápadnému hnědavému zbarvení). Dále od B. confidens menší velikostí dospělých samců (SVL 15,1- 15,3 mm vs. 18,3-20,1 mm), přítomností supranazálního kužele (vs. nepřítomností) a hemipenisem s hřebenovitou apikální strukturou (vs. úzkým bez ornamentů); od B. dentata pravděpodobně menší velikostí těla dospělců (měření samců B. dentata nejsou k dispozici); od B. exarmata menší velikostí těla dospělců (SVL samic 18.7-19,9 vs. 25,7-26,5, měření samců B. exarmata nejsou k dispozici); od B. karchei menší velikostí (SVL samice 18,7-19,9 vs. 30,7, měření samců B. karchei nejsou k dispozici); chybějícím nadočnicovým kuželem (vs. přítomným); od B. minima přítomností pánevního trnu (vs. chybějícím nebo nezřetelným pánevním trnem) a hemipenisem s hřebenovitou apikální strukturou (vs. balonovitý bez ozdob); od B. peyrierasi podle menší velikosti dospělých samců (SVL 15,1-15,3 mm vs. 19,1-27,4 mm) a hemipenisu s hřebenovitou apikální strukturou (vs. dvoulaločný se čtyřmi trny na každém laloku); od B. ramanantsoai menší velikostí dospělých samců (SVL 15,1-15,3 mm vs. 21,7 mm), absencí nadočnicového kužele (vs. přítomností u některých exemplářů) a hemipenisem s hřebenovitou apikální strukturou (vs. baloon-like bez ornamentů); od B. tristis menší velikostí dospělých samců (SVL 15,1-15,3 mm vs. 18,0- 18,2 mm) a hemipenisem s hřebenovitou apikální strukturou (vs. malé papily na vrcholu neuspořádané hřebenovitě); a od B. tuberculata absencí supraokulárního kužele (vs. přítomností) a hemipenisem s hřebenovitou apikální strukturou (vs. korunovitou strukturou). Odlišení od níže popsaného druhu B. desperata viz diagnóza tohoto druhu. S odkazem na fragment genu 16S rRNA vykazuje B. micra nekorigovanou párovou divergenci 6,8 % ke svému sesterskému klanu (B. tristis+B. desperata) a divergenci .7,2 % ke všem ostatním druhům skupiny B. minima.