Metody
Klasický protokol EMSA má 4 hlavní kroky: 1) Izolace proteinů z buněk. Vzhledem k tomu, že naprostá většina aktivních proteinů vážících DNA je přítomna v jádře, používá se protokol postupné lýzy membrán, jehož výsledkem je purifikovaný jaderný protein. 2) Výroba a radioaktivní značení DNA sondy. Fosfor 32 (32P) se naváže na 5′ konce DNA sondy pomocí 32P-γATP jako substrátu pro polynukleotidkinasu T4. DNA sondy lze zakoupit nebo vyrobit na zakázku. 3) Purifikované proteiny a radioaktivně značené DNA sondy se koinkubují s vazebným pufrem EMSA, aby se podpořila vazba proteinů s DNA sondou. Pokud se provádí supershift EMSA, reakce obsahuje také selektivní protilátku, která po navázání na komplexy protein-DNA způsobí další zpomalení v gelu. 4) Komplexy DNA-protein jsou naloženy a spuštěny na nedenaturujícím polyakrylamidovém gelu, což způsobí oddělení komplexů DNA-protein od volných sond DNA. Polyakrylamidové gely se poté vysuší a analyzují pomocí autoradiografie.