Vzestup konkrétní školy neokonfucianismu vedené Ču Si nabývá v této souvislosti zvláštního významu. Neokonfuciánský vzestup začínající na konci období Tang zahrnoval mnoho vzrušujících rozšíření klasické vize. Za zmínku stojí v období Bei Song vznik nové konfuciánské metafyziky, která byla ovlivněna buddhismem a která si volně vypůjčovala z taoistické terminologie, přičemž obě náboženství odmítala. Pro politické a společenské poměry v Nan Songu měl význam její neustálý růst v dobře integrovaný filozofický systém, který syntetizoval metafyziku, etiku, společenské ideály, politické aspirace, individuální disciplínu a sebekultivaci.
Se svolením Národního palácového muzea, Tchaj-wan, Čínská republika
Nejlepší myslitelé raného období Nan Songu byli rozčarováni poznáním, že předchozí neokonfuciánské pokusy selhaly. Reformy, které se snažily uplatnit státotvornost, skončily zneužitím a rozpory. Rozšíření vzdělanosti se neshodovalo s pozvednutím morálních norem. Ztráta centrálních plání byla velkým kulturním šokem, ale mluvit o znovuzískání ztraceného území bylo zbytečné, pokud tomu nepředcházelo znovuobjevení skutečného významu konfucianismu. Pro Ču Sia a jeho stoupence by stát prostoupený pravými konfuciánskými praktikami byl natolik vnitřně silný a měl by takovou přitažlivost pro cizince, že znovudobytí severu by vyžadovalo jen minimální úsilí; stát postrádající pravé konfuciánské praktiky by byl natolik vnitřně slabý a neatraktivní, že znovudobytí ztracených území by bylo zcela nemožné.
Songové se navíc cítili ohroženi přijetím téhož dědictví ze strany Jüenů, kteří se cítili být nuceni vznést výlučný nárok na legitimitu i ortodoxii. Takový nárok vyžadoval, aby nové odklony byly interpretovány jako potvrzení starobylých ideálů. Proto byl intelektuální směr, který se rozvíjel pod vedením Zhu Xi, označován nejprve jako Daoxue („Škola pravé cesty“) a později jako Lixue („Škola univerzálních principů“). Vzdělání pro myslitele této školy znamenalo daleko hlubší sebekultivaci morálního vědomí, jehož konečným cílem byl vnitřní prožitek pocitu sjednocení s univerzálními principy. Tito muži, které bychom mohli označit za transcendentální moralisty konfucianismu, se také zavázali k rekonstrukci morální společnosti – pro ně to byl jediný myslitelný základ dobré vlády. S horlivostí podobnou misionářské se věnovali šíření této pravé cesty a vytvářeli morálně-intelektuální společenství. Ču Si, velký syntetizátor, seřadil klasiky do postupného učebního plánu, vyložil jejich přední výběr, souhrnně známý jako S‘-šu („Čtyři knihy“), shrnul monumentální dějiny ve zkrácené verzi plné moralistních soudů, připravil další vlastní rozsáhlé spisy a výroky a otevřel cestu k základnímu katechismu, nazvanému San-ťing („Klasika tří charakterů“), který jednoduchým jazykem zprostředkoval celý hodnotový systém této školy pro to, co se blížilo masovému vzdělávání.
K Ču Siovi, jeho spolupracovníkům a žákům se hrnulo mnoho idealistických učenců. Tito intelektuálové, frustrovaní a odcizení panujícími poměry a demoralizující nízkou úrovní, přijali zvláštní archaický a polonáboženský životní styl. Vynikali ve vědecké, vzdělávací a společenské činnosti, zastávali některé relativně nevýznamné vládní funkce a s nadhledem prosazovali svou výlučnou ideologickou autoritu, což se nelíbilo mnoha konvenčním konfuciáncům. Ačkoli se do politiky nehrnuli, prestiž, kterou získali, byla pro ty, kdo byli u moci, skrytou hrozbou. Vrchní radní Han Tuozhou byl obzvláště znepokojen, když zjistil, že někteří jeho političtí protivníci s touto konkrétní školou sympatizují a dokonce ji podporují. Řada dalších úředníků různých stupňů sdílela Hanův poplach; jeden po druhém obviňovali školu z podobnosti s podvratnou náboženskou sektou, označovali ji za hrozbu pro bezpečnost státu a napadali její údajnou neúctu ke dvoru. Škola byla zakázána jako falešné učení a nekonfuciánská. Několik desítek jejích představitelů, včetně Ču Si, bylo vypovězeno, někteří do vzdálených míst. Od té doby museli všichni uchazeči o státní zkoušky prohlásit, že nemají se školou nic společného.
Většina historických zpráv se drží názoru, že tento spor byl dalším příkladem frakčních sporů, ale nebylo tomu tak. Útočníci nebyli soudržnou skupinou, kromě společné zášti vůči škole, ani škola sama nebyla politicky aktivní skupinou. Ve skutečnosti šlo o konflikt mezi dvěma polarizovanými rovinami – politickou mocí a ideologickou autoritou. Povaha konfuciánského státu vyžadovala, aby se obě tyto složky sbližovaly, ne-li shodovaly.
Pronásledování se vrátilo jako bumerang tím, že ze svých obětí udělalo hrdiny a vzbudilo sympatie neutrálních učenců-úředníků. Když si Han o několik let později uvědomil svou chybu, zákaz zrušil. Většina historických zpráv zanechává mylný dojem, že po zrušení zákazu si neokonfuciánská škola Zhu Xi svou převahou brzy získala široké uznání, což ji téměř automaticky povýšilo na kýžený status oficiální ortodoxie. Ve skutečnosti však byl vzestup k ortodoxii pomalý a bylo ho dosaženo politickou manipulací, vyvolanou vnitřní krizí císařského nástupnictví a poté vnější hrozbou Mongolů. Shi Miyuan, hlavní rada, který učinil Lizonga císařem, vytvořil okolnosti, které donutily staršího dědice Ningzonga spáchat sebevraždu. To poškodilo obraz dvora i samotného Ši. Napravil politické ploty a dosadil několik veteránů školy do prestižních funkcí, aby napravil rovnováhu v byrokracii.
V roce 1233, rok před dobytím Jüčchenu Mongoly, uctili Konfucia a obnovili jeho chrám v Pekingu. V roce 1237 jejich vznikající kočovná říše, která již zabírala velkou část severní Číny, obnovila úřednické zkoušky a prohlásila tak, že i ona je konfuciánským státem. Nan-sungové, ohroženi vojensky i kulturně, učinili Ču Siovy komentáře oficiálními, jeho školu státní ortodoxií a jeho tvrzení uznávanou verzí – pravá Konfuciova cesta se na více než tisíciletí ztratila a linie jejího předávání byla obnovena až v době, kdy ji Ču Si, inspirován ranými mistry z Pej-sungu, obnovil. Z toho vyplývalo, že ať už Mongolové převzali jakýkoli konfucianismus, byl jen bledou napodobeninou a bez legitimity.