L’essor de l’école particulière de néo-confucianisme dirigée par Zhu Xi prend une signification particulière dans ce contexte. La poussée néo-confucéenne qui débute à la fin des Tang englobe de nombreuses extensions passionnantes de la vision classique. Il convient de noter l’émergence, sous les Bei Song, d’une nouvelle métaphysique confucéenne influencée par le bouddhisme et empruntant librement la terminologie taoïste tout en rejetant les deux religions. Ce qui est pertinent pour les conditions politiques et sociales des Nan Song, c’est sa croissance continue en un système philosophique bien intégré qui synthétisait la métaphysique, l’éthique, les idéaux sociaux, les aspirations politiques, la discipline individuelle et la culture de soi.
Les meilleurs penseurs du début des Nan Song ont été désillusionnés par le constat de l’échec des précédentes tentatives néo-confucéennes. Les réformes qui avaient cherché à appliquer l’art de l’État s’étaient soldées par des abus et des controverses. La diffusion de l’éducation n’avait pas coïncidé avec une élévation des normes morales. La perte des plaines centrales a été un grand choc culturel, mais parler de récupérer le territoire perdu était inutile si cela n’était pas précédé d’une redécouverte de la véritable signification du confucianisme. Pour Zhu Xi et ses partisans, un État imprégné de véritables pratiques confucéennes serait si fort intérieurement et aurait un tel attrait pour les étrangers que la reconquête du nord ne nécessiterait qu’un effort minime ; un État dépourvu de véritables pratiques confucéennes serait si faible intérieurement et si peu attrayant que la reconquête des territoires perdus serait tout à fait impossible.
De plus, menacés par l’adoption par les Juchen du même héritage, les Song se sentaient poussés à revendiquer de manière exclusive à la fois la légitimité et l’orthodoxie. Une telle revendication exigeait que les nouveaux départs soient interprétés comme la réaffirmation d’idéaux anciens. Ainsi, le courant intellectuel qui s’est développé sous la direction de Zhu Xi a d’abord été appelé Daoxue (« École de la vraie voie »), puis Lixue (« École des principes universels »). Pour les penseurs de cette école, l’éducation signifiait un approfondissement de la conscience morale, dont la portée ultime était l’expérience intérieure du sentiment d’unité avec les principes universels. Ces hommes, que l’on pourrait qualifier de moralistes transcendantaux du confucianisme, se sont également engagés à reconstruire une société morale – ce qui constitue pour eux le seul fondement concevable d’un bon gouvernement. Avec un zèle de missionnaire, ils se sont engagés dans la propagation de cette vraie voie et ont formé des fraternités morales et intellectuelles. Zhu Xi, le grand synthétiseur, classa les Classiques dans un programme d’études étape par étape, interpréta ses choix les plus importants, collectivement connus sous le nom de Sishu (« Quatre livres »), résuma une histoire monumentale dans une version courte pleine de jugements moralisateurs, prépara d’autres écrits et dictons étendus de son cru, et ouvrit la voie à un catéchisme élémentaire, intitulé le Sanzijing (« Classiques des trois caractères »), qui transmettait tout le système de valeurs de cette école dans un langage simple pour ce qui s’apparentait à une éducation de masse.
De nombreux érudits idéalistes ont afflué vers Zhu Xi, ses associés et ses disciples. Frustrés et aliénés par les conditions prévalentes et les normes basses démoralisantes, ces intellectuels ont adopté un style de vie archaïque et semi-religieux particulier. S’illustrant dans l’érudition, les activités éducatives et le leadership social et occupant des postes gouvernementaux relativement mineurs, ils ont affirmé leur autorité idéologique exclusive avec un air de supériorité, au grand dam de nombreux confucéens conventionnels. Bien qu’ils ne soient pas passionnés par la politique, le prestige qu’ils acquièrent constitue une menace implicite pour les détenteurs du pouvoir. Le conseiller en chef Han Tuozhou était particulièrement inquiet lorsqu’il découvrait que certains de ses adversaires politiques sympathisaient avec cette école particulière, voire la soutenaient. Un certain nombre d’autres bureaucrates de différents rangs ont partagé l’alarme de Han ; l’un après l’autre, ils ont accusé l’école d’être similaire à une secte religieuse subversive, la qualifiant de menace pour la sécurité de l’État et s’en prenant à son prétendu manque de respect pour la cour. L’école a été proscrite comme étant un faux apprentissage et non-confucéenne. Plusieurs dizaines de ses dirigeants, dont Zhu Xi, ont été bannis, certains vers des lieux éloignés. Désormais, tous les candidats aux examens d’État devaient déclarer qu’ils n’avaient aucun lien avec l’école.
La plupart des récits historiques suivent l’opinion selon laquelle la controverse était un autre exemple de lutte entre factions, mais ce n’était pas le cas. Les attaquants ne formaient pas un groupe cohésif, à l’exception de leur ressentiment commun envers l’école, et l’école elle-même n’était pas non plus un groupe actif en politique. Le conflit opposait en fait deux niveaux polarisés : le pouvoir politique et l’autorité idéologique. La nature de l’État confucéen exigeait que les deux convergent, sinon coïncident.
La persécution a eu un effet boomerang en faisant de ses victimes des héros et en suscitant la sympathie des fonctionnaires scolaires neutres. Réalisant son erreur quelques années plus tard, Han leva l’interdiction. La plupart des récits historiques laissent l’impression erronée qu’une fois l’interdiction levée, l’école de néo-confucianisme de Zhu Xi, par sa prééminence, a rapidement été largement acceptée, ce qui l’a presque automatiquement élevée au statut convoité d’orthodoxie officielle. Mais en réalité, l’ascension vers l’orthodoxie a été lente et obtenue par des manipulations politiques, provoquées par une crise interne de succession impériale, puis par la menace externe des Mongols. Shi Miyuan, le conseiller principal qui a fait de Lizong l’empereur, a créé des circonstances qui ont contraint l’héritier aîné de Ningzong à se suicider. Cela a porté atteinte à l’image de la cour et à celle de Shi lui-même. Réparant les barrières politiques, il plaça quelques vétérans de l’école à des postes prestigieux afin de rééquilibrer la bureaucratie.
En 1233, l’année précédant la conquête mongole du Juchen, les Mongols honorèrent Confucius et reconstruisirent son temple à Pékin. En 1237, leur empire nomade naissant, qui occupe déjà une grande partie du nord de la Chine, rétablit un examen de la fonction publique, affirmant ainsi qu’il est lui aussi un État confucéen. Menacés à la fois militairement et culturellement, les Nan Song officialisèrent les commentaires de Zhu Xi, firent de son école l’orthodoxie de l’État et firent de son affirmation la version acceptée – que la véritable voie de Confucius avait été perdue pendant plus d’un millénaire et que la ligne de transmission n’avait été reprise que lorsque, inspiré par les premiers maîtres Bei Song, Zhu Xi l’avait rétablie. Cela impliquait que le confucianisme, quel qu’il soit, repris par les Mongols n’était qu’une pâle imitation et sans légitimité.