Módszerek
A klasszikus EMSA protokoll 4 fő lépésből áll: 1) A fehérjék izolálása a sejtekből. Mivel az aktív DNS-kötő fehérjék túlnyomó többsége a sejtmagban van jelen, szekvenciális membránlízis protokollt alkalmazunk, amely tisztított nukleáris fehérjét eredményez. 2) A DNS-szonda előállítása és radiomegjelölése. A 32 foszfor (32P) a T4 polinukleotid-kináz szubsztrátjaként használt 32P-γATP segítségével kapcsolódik a DNS-szonda 5′ végéhez. A DNS-szondák megvásárolhatók vagy egyedileg készíthetők. 3) A tisztított fehérjéket és a radioaktívan jelölt DNS-szondákat együtt inkubáljuk EMSA kötőpufferrel, hogy elősegítsük a fehérjék és a DNS-szonda kötődését. Ha szupershift EMSA-t végzünk, a reakció szelektív antitestet is tartalmaz, amely a fehérje-DNS-komplexekhez kötődve további késleltetést okoz a gélen belül. 4) A DNS-fehérje komplexeket betöltjük és nem denaturáló poliakrilamid gélen futtatjuk, ami a DNS-fehérje komplexek és a szabad DNS-szondák elválasztását okozza. A poliakrilamid géleket ezután megszárítjuk és autoradiográfiával elemezzük.