Diagnosi. Membro del gruppo Brookesia minima in base alle piccole dimensioni del corpo (SVL,20 mm) e alle relazioni filogenetiche molecolari. Brookesia micra si distingue da tutti gli altri membri del gruppo per una lunghezza relativa della coda più corta (lunghezza della coda/SVL 0,37-0,49 contro 0,49-0,92), e per le code di colore arancione in vita negli adulti (contro un colore brunastro poco appariscente). Inoltre, da B. confidens da una dimensione maschile adulta più piccola (SVL 15.1- 15.3 mm vs. 18.3-20.1 mm), cono sopranasale presente (vs. assente), ed emipene con struttura apicale a pettine (vs. stretto senza ornamenti); da B. dentata da dimensioni probabilmente più piccole del corpo adulto (nessuna misura di B. dentata maschio disponibile); da B. exarmata da dimensioni più piccole del corpo adulto (SVL femminile 18.7-19.9 vs. 25.7-26.5, nessuna misurazione maschile disponibile per B. exarmata); da B. karchei per le dimensioni più piccole (SVL femminile 18.7-19.9 vs. 30.7, nessuna misurazione maschile disponibile per B. karchei); cono sopraoculare assente (vs. presente); da B. minima per la presenza di una spina pelvica (vs. spina pelvica assente o indistinta), ed emipene con struttura apicale a pettine (vs. a palloncino senza ornamenti); da B. peyrierasi per le dimensioni del maschio adulto più piccolo (SVL 15.1-15.3 mm vs. 19.1-27.4 mm), e per l’emipenna con struttura apicale a pettine (vs. bilobata con quattro spine su ogni lobo); da B. ramanantsoai da una taglia maschile adulta più piccola (SVL 15.1-15.3 mm vs. 21.7 mm), cono sopraoculare assente (vs. presente in alcuni esemplari), ed emipene con struttura apicale a pettine (vs. baloon-like senza ornamenti); da B. tristis da una dimensione maschile adulta più piccola (SVL 15.1-15.3 mm vs. 18.0- 18.2 mm), ed emipeni con struttura apicale a pettine (vs. piccole papille sull’apice non disposte a pettine); e da B. tuberculata da cono sopraoculare assente (vs. presente), ed emipeni con struttura apicale a pettine (vs. struttura a corona). Per la distinzione da B. desperata, descritta di seguito, vedi la diagnosi di questa specie. Facendo riferimento a un frammento del gene 16S rRNA, B. micra mostra una divergenza a coppie non corretta del 6,8% con il suo clade gemello (B. tristis+B. desperata), e divergenze del 7,2% con tutte le altre specie del gruppo B. minima.