Diagnoza. Członek grupy Brookesia minima na podstawie niewielkich rozmiarów ciała (SVL,20 mm) i molekularnych powiązań filogenetycznych. Brookesia micra odróżnia się od wszystkich innych członków grupy krótszą względną długością ogona (długość ogona/SVL 0,37-0,49 versus 0,49-0,92), oraz pomarańczowym zabarwieniem ogona w życiu u osobników dorosłych (vs. niepozorny brązowawy kolor). Ponadto od B. confidens przez mniejszy rozmiar dorosłego samca (SVL 15,1- 15,3 mm vs. 18,3-20,1 mm), stożek nadoczodołowy obecny (vs. nieobecny) i hemipenis z grzebieniowatą strukturą wierzchołkową (vs. wąski bez ornamentów); od B. dentata przez prawdopodobnie mniejszy rozmiar dorosłego ciała (brak pomiarów samca B. dentata); od B. exarmata przez mniejszy rozmiar dorosłego ciała (SVL samicy 18. balonowaty bez ornamentów); od B. peyrierasi przez mniejszy rozmiar dorosłego samca (SVL 15,1-15,3 mm vs. 19,1-27,4 mm) i hemipenis o grzebieniastej strukturze wierzchołkowej (vs. dwuboczny z czterema kolcami na każdym płacie); od B. ramanantsoai przez mniejszy rozmiar dorosłego samca (SVL 15,1-15,3 mm vs. 21,7 mm), brak stożka nadoczodołowego (vs. obecny u niektórych okazów) i hemipenis z grzebieniowatą strukturą wierzchołkową (vs. balonopodobne bez ornamentów); od B. tristis przez mniejszy rozmiar dorosłego samca (SVL 15,1-15,3 mm vs. 18,0-18,2 mm) i hemipenis o grzebieniowej strukturze wierzchołkowej (vs. małe brodawki na wierzchołku nie ułożone grzebieniowo); a od B. tuberculata przez stożek nadoczny nieobecny (vs. obecny) i hemipenis o grzebieniowej strukturze wierzchołkowej (vs. struktura koronopodobna). Dla odróżnienia od B. desperata, opisanego poniżej, zobacz diagnozę tego gatunku. Odnosząc się do fragmentu genu 16S rRNA, B. micra wykazuje nieskorygowaną parami dywergencję 6,8% do swojego siostrzanego kladu (B. tristis+B. desperata), oraz dywergencję .7,2% do wszystkich innych gatunków z grupy B. minima.