Methods
Klasyczny protokół EMSA składa się z 4 głównych etapów: 1) Izolacja białek z komórek. Ponieważ zdecydowana większość aktywnych białek wiążących DNA jest obecna w jądrze, stosuje się sekwencyjny protokół lizy błon, w wyniku którego otrzymuje się oczyszczone białka jądrowe. 2) Wytwarzanie i znakowanie radiolabidem sondy DNA. Fosfor 32 (32P) jest przyłączany do 5′ końców sondy DNA poprzez wykorzystanie 32P-γATP jako substratu dla kinazy polinukleotydowej T4. Sondy DNA mogą być zarówno zakupione, jak i wykonane na zamówienie. 3) Oczyszczone białka i radioznakowane sondy DNA są współinkubowane z buforem wiążącym EMSA w celu promowania wiązania białek z sondą DNA. Jeżeli przeprowadzana jest EMSA typu supershift, reakcja zawiera również selektywne przeciwciało, które po związaniu się z kompleksami białko-DNA powoduje dalsze opóźnienie w żelu. 4) Kompleksy DNA-białko są ładowane i przesuwane na niedenaturujący żel poliakrylamidowy powodujący oddzielenie kompleksów DNA-białko od wolnych sond DNA. Żele poliakrylamidowe są następnie suszone i analizowane za pomocą autoradiografii.