Kungsledens historia är kopplad till Svenska Turistföreningen (STF). Föreningen bildades 1885 av vetenskapsmän i Uppsala för att underlätta tillträdet till de svenska fjällen. Från slutet av 1800-talet hade föreningen en idé om att skapa en kunglig väg genom fjällen i Swedish Lapland. Den föreslagna vägen skulle förbinda nuvarande Abisko med Kvikkjokk. Byggandet av järnvägen Malmbanan mellan Kiruna och Narvik 1902 gav projektet det nödvändiga tillträdet. STF köpte tre officershytter från de svenska järnvägarna, varav en i Abisko. Med de mycket begränsade medel som stod till förfogande förvandlade man successivt hytten i Abisko till en turiststation. Man byggde också stugor: de första var de i Abiskojaure och Kebnekaise 1907. Mellan Abisko och Abiskojaure följde leden en gammal väg som användes för transport av material. Förutom stugorna tog föreningen in båtar för sjöarna mellan Abisko och Vakkotavare.
För sträckan mellan Vakkotavare och Kvikkjokk var det ursprungliga projektet att föra leden genom Sareks nationalpark, med en stuga nära Rapafloden, där det skulle krävas en båt för att korsa den. Planerna ändrades senare, så att leden går längs parkens östra ände i stället.
I början var leden inte markerad eller namngiven. År 1920, i en bok om Kebnekaise, förekom leden under namnet Alesvaggeleden. Leden mellan Abisko och Vakkotavare markerades slutligen 1926 och 1927. År 1928, utan någon ceremoni eller invigning, dök namnet Kungsleden upp för första gången i samband med öppnandet av stationen i Kvikkjokk. Byggandet av stugorna gick långsamt med tanke på föreningens begränsade ekonomiska medel. Det fanns fortfarande ingen riktig stig att tala om och allmänhetens känslor för leden var till en början mycket begränsade, men den växte snabbt i popularitet.
Leden utvidgades på ett relativt diskret sätt. År 1941 gick Kungsleden från Abisko till Jäkkvik och i början av 1950-talet nådde den upp till Ammarnäs. Vissa vandrare på den tiden inkluderade Kungsleden i alla STF:s spårnätverk i fjällen, från Treklövern i norr till Grövelsjön i söder. År 1975 förlängdes leden officiellt till Hemavan i och med bildandet av Vindelfjällens naturreservat. Sträckan längre söderut (mellan Sälen och Storlien) kallas dock ibland för Södra Kungsleden.