Förbundets befrielsekamp i Tanganyika leddes av Tanganyikas afrikanska nationalförbund, vars flagga var en horisontell trikolor i grön-svart-grön. Val bekräftade det överväldigande folkliga stödet för organisationen, och de brittiska myndigheterna föreslog att partiets flagga skulle ändras för att användas som nationalflagga efter självständigheten den 9 december 1961. Gula fimpar lades till vid den tidpunkten.
Under arabiskt styre hade Zanzibar länge haft en röd flagga, men en svart afrikansk regim kom till makten den 12 januari 1964 under en flagga av svart, gult och blått. Följande månad införde det styrande Afro-Shirazi-partiet en ny nationell flagga som liknade dess egen. De horisontella blå-svart-gröna ränderna stod för havet, folket respektive landet, medan en smal vit vertikal rand vid hissen stod för fred.
I april 1964 förenades länderna Tanganyika och Zanzibar, och i början av juli slogs deras flaggtraditioner samman för att skapa Tanzanias nya nationalflagga. Flaggfärgerna införlivades diagonalt för att skapa särprägel. Landets majoritetsbefolkning symboliseras av den svarta strecket, medan grönt antyder landets rika jordbruksresurser. Mineralrikedomen återspeglas i de smala gula gränserna, medan Indiska oceanen symboliseras av blått. Efter att Zanzibar förenades med Tanganyika fortsatte Zanzibarflaggan ändå att användas lokalt på dessa öar.