A ascensão da escola particular do Neoconfucionismo liderada por Zhu Xi assume um significado especial neste contexto. A ascensão do Neoconfucionismo começando no final do Tang abraçou muitas extensões emocionantes da visão Clássica. Destaca-se durante a canção Bei Song o surgimento de uma nova metafísica confucionista que foi influenciada pelo budismo e que foi emprestada livremente da terminologia taoísta enquanto rejeitava ambas as religiões. De relevância para as condições políticas e sociais de Nan Song foi seu crescimento contínuo em um sistema filosófico bem integrado que sintetizava metafísica, ética, ideais sociais, aspirações políticas, disciplina individual e auto-cultivo.
Os melhores pensadores do início do Nan Song ficaram desiludidos com a constatação de que tentativas anteriores do Neo-Confucionismo tinham falhado. Reformas que tinham procurado aplicar a arte do estado tinham terminado em abusos e controvérsias. A disseminação da educação não tinha coincidido com uma elevação dos padrões morais. A perda das planícies centrais foi um grande choque cultural, mas falar da recuperação do território perdido era inútil, a menos que fosse precedido por uma redescoberta do verdadeiro significado do confucionismo. Para Zhu Xi e seus seguidores, um estado permeado por verdadeiras práticas confucionistas seria tão forte internamente e teria tal atração por forasteiros que retomar o norte exigiria apenas um esforço mínimo; um estado sem verdadeiras práticas confucionistas seria tão fraco internamente e tão pouco atraente que retomar os territórios perdidos seria completamente impossível.
Mais ainda, ameaçado pela adoção pelo Juchen da mesma herança, o Song se sentiu impulsionado a fazer uma reivindicação exclusiva tanto para a legitimidade quanto para a ortodoxia. Tal afirmação exigia que as novas partidas fossem interpretadas como uma reafirmação de ideais antigos. Assim, a tendência intelectual que se desenvolveu sob a liderança de Zhu Xi foi referida primeiro como Daoxue (“School of True Way”) e depois como Lixue (“School of Universal Principles”). A educação, para os pensadores desta escola, significava uma auto-cultivo muito mais profundo da consciência moral, cuja extensão final era a experiência interior de sentir-se em sintonia com os princípios universais. Estes homens, que poderiam ser descritos como moralistas transcendentais no confucionismo, também se comprometeram a reconstruir uma sociedade moral – para eles o único fundamento concebível para um bom governo. Com um zelo missionário, eles se engajaram na propagação desse verdadeiro caminho e formaram bolsas morais-intelectuais. Zhu Xi, o grande sintetizador, classificou os clássicos em um currículo passo a passo, interpretou suas escolhas mais importantes, coletivamente conhecidas como o Sishu (“Quatro Livros”), resumiu uma história monumental em uma versão curta cheia de julgamentos moralistas, preparou outros escritos e ditos extensivos próprios e abriu o caminho para um catecismo elementar, intitulado o Sanzijing (“Clássicos de Três Personagens”), que transmitia todo o sistema de valores desta escola em linguagem simples para o que aproximava a educação de massa.
Muitos estudiosos idealistas afluíram a Zhu Xi, seus associados, e seus discípulos. Frustrados e alienados pelas condições prevalecentes e desmoralizando os baixos padrões, esses intelectuais assumiram um estilo de vida arcaico e semireligioso peculiar. Proeminentes em bolsas de estudo, atividades educacionais e liderança social e ocupando alguns cargos governamentais relativamente menores, eles afirmaram sua autoridade ideológica exclusiva com um ar de superioridade, muito para o descontentamento de muitos confucionistas convencionais. Embora não se interessassem por política, o prestígio que adquiriram era uma ameaça implícita para os que estavam no poder. O conselheiro principal Han Tuozhou ficou particularmente alarmado quando encontrou alguns dos seus adversários políticos simpáticos e até mesmo apoiantes desta escola em particular. Vários outros burocratas de várias fileiras partilharam o alarme de Han; um após outro, acusaram a escola de ser semelhante a uma seita religiosa subversiva, chamando-a de ameaça à segurança do Estado e atacando o seu suposto desrespeito pelo tribunal. A escola foi proscrita como falsa aprendizagem e não-Confuciana. Várias dúzias dos seus líderes, incluindo Zhu Xi, foram banidos, alguns para lugares distantes. A partir daí, todos os candidatos ao exame estadual tiveram que declarar que não tinham nenhuma ligação com a escola.
Os relatos históricos mais antigos seguem a opinião de que a controvérsia era outro exemplo de conflito de facções, mas não foi esse o caso. Os atacantes não eram um grupo coeso, exceto por seu ressentimento comum em relação à escola, nem a própria escola era um grupo ativo na política. O conflito era na verdade um conflito entre dois níveis polarizados – poder político e autoridade ideológica. A natureza do estado de Confúcio exigia que os dois convergissem se não coincidissem.
O bumerangue da perseguição fazia das suas vítimas heróis e suscitava simpatia entre os estudiosos neutros. Percebendo o seu erro alguns anos mais tarde, Han levantou a proibição. A maioria dos relatos históricos deixa uma impressão errada de que, uma vez que a proibição foi retirada, a escola Zhu Xi do Neoconfucionismo por sua preeminência logo ganhou ampla aceitação, o que quase automaticamente a elevou ao cobiçado status de ortodoxia oficial. Mas na realidade a ascensão à ortodoxia foi lenta e alcançada pela manipulação política, ocasionada por uma crise interna de sucessão imperial e depois pela ameaça externa dos mongóis. Shi Miyuan, o conselheiro principal que fez de Lizong imperador, criou circunstâncias que obrigaram o herdeiro mais velho de Ningzong a cometer suicídio. Isto foi prejudicial para a imagem da corte e para a do próprio xi. Consertando cercas políticas, ele colocou alguns dos líderes veteranos da escola em posições de prestígio a fim de restabelecer o equilíbrio da burocracia.
Em 1233, no ano anterior à conquista mongol de Juchen, os mongóis honraram Confúcio e reconstruíram o seu templo em Pequim. Em 1237 seu emergente império nômade, já ocupando grande parte do norte da China, reinstituiu um exame da função pública, alegando assim que também era um estado de Confúcio. Ameaçado militarmente e culturalmente, o Nan Song oficializou os comentários de Zhu Xi, sua escola a ortodoxia estatal, e sua reivindicação a versão aceita – que o verdadeiro caminho de Confúcio tinha sido perdido por mais de um milênio e que a linha de transmissão não foi retomada até que, inspirado pelos primeiros mestres da Bei Song, Zhu Xi a restabeleceu. Isto implicava que o Confucionismo que os Mongóis assumiram era apenas uma pálida imitação e sem legitimidade.