Métodos
O protocolo clássico EMSA tem 4 etapas principais: 1) O isolamento das proteínas das células. Uma vez que a grande maioria das proteínas activas de ligação ao ADN estão presentes dentro do núcleo, é utilizado um protocolo de lise de membrana sequencial que produz proteína nuclear purificada. 2) Fabricação e radiomarcação da sonda de ADN. O fósforo 32 (32P) é ligado às extremidades da sonda de ADN 5′ através do uso da 32P-γATP como substrato para a polinucleotídeo quinase T4. As sondas de ADN podem ser ambas adquiridas ou fabricadas à medida. 3) As proteínas purificadas e as sondas de ADN radiolocadas são co-incubadas com um tampão de ligação EMSA para promover a ligação das proteínas com a sonda de ADN. Se estiver a ser realizada uma EMSA super-deslocada, a reacção também contém um anticorpo selectivo que, quando ligado aos complexos proteína-ADN, causa um maior retardamento dentro do gel. 4) Os complexos de DNA-proteínas são carregados e rodam em um gel de poliacrilamida não desnaturalizado causando a separação dos complexos de DNA-proteínas das sondas de DNA livres. Os géis de poliacrilamida são então secos e analisados através de autoradiografia.