Diagnóstico. Um membro do grupo Brookesia minima baseado no tamanho pequeno do corpo (SVL,20 mm) e relações filogenéticas moleculares. Brookesia micra é distinguida de todos os outros membros do grupo por um menor comprimento relativo da cauda (comprimento da cauda/SVL 0,37-0,49 versus 0,49-0,92), e por caudas de cor laranja na vida em adultos (versus cor castanha inconspícua). Além disso, de B. confidens por um macho adulto de tamanho menor (SVL 15.1- 15.3 mm vs. 18.3-20.1 mm), cone supranasal presente (vs. ausente), e hemipenis com estrutura apical tipo pente (vs. estreito sem ornamentos); de B. dentata por provavelmente menor tamanho do corpo adulto (não há medidas de B. dentata macho disponível); de B. exarmata por menor tamanho do corpo adulto (SVL 18 fêmea.7-19,9 vs. 25,7-26,5, não há medidas disponíveis para B. exarmata masculina); de B. karchei por tamanho menor (SVL 18,7-19,9 vs. 30,7, não há medidas disponíveis para B. karchei masculina); cone supraocular ausente (vs. presente); de B. minima pela presença de uma coluna pélvica (vs. ausente ou indistinta), e hemipenis com estrutura apical semelhante a um pente (vs. dentata); de B. exarmata por tamanho menor do corpo adulto (SVL 18. balão sem ornamentos); de B. peyrierasi por um macho adulto menor (SVL 15.1-15.3 mm vs. 19.1-27.4 mm), e hemipenis com estrutura apical em forma de pente (vs. bilobada com quatro espinhas em cada lóbulo); de B. ramanantsoai por um macho adulto menor (SVL 15,1-15,3 mm vs. 21,7 mm), cone supra-ocular ausente (vs. presente em alguns espécimes), e hemipenis com estrutura apical em forma de pente (vs. B. tristis por um macho adulto menor (SVL 15,1-15,3 mm vs. 18,0- 18,2 mm), e hemipenis com estrutura apical em forma de pente (vs. papilas pequenas no ápice não dispostas em forma de pente); e de B. tuberculata por cone supra-ocular ausente (vs. presente), e hemipenis com estrutura apical em forma de pente (vs. estrutura em forma de coroa). Para uma distinção de B. desesperata, descrita abaixo, veja o diagnóstico desta espécie. Referindo-se a um fragmento do gene 16S rRNA, B. micra mostra uma divergência não corrigida de 6,8% para seu clade irmão (B. tristis+B. desesperata), e divergências .7,2% para todas as outras espécies do grupo B. minima.