Diagnóstico. Un miembro del grupo Brookesia minima basado en el pequeño tamaño del cuerpo (SVL,20 mm) y las relaciones filogenéticas moleculares. Brookesia micra se distingue de todos los demás miembros del grupo por una longitud relativa de la cola más corta (longitud de la cola/SVL 0,37-0,49 frente a 0,49-0,92), y por el color anaranjado de la cola en vida de los adultos (frente a un color pardo discreto). Además, se diferencia de B. confidens por un menor tamaño del macho adulto (SVL 15,1- 15,3 mm vs. 18,3-20,1 mm), cono supranasal presente (vs. ausente), y hemipene con estructura apical en forma de peine (vs. estrecho sin ornamentos); de B. dentata por un tamaño corporal adulto probablemente menor (no se dispone de medidas del macho de B. dentata); de B. exarmata por un menor tamaño corporal adulto (SVL de la hembra 18.7-19,9 vs. 25,7-26,5, no se dispone de medidas de los machos de B. exarmata); de B. karchei por su menor tamaño (hembra SVL 18,7-19,9 vs. 30,7, no se dispone de medidas de los machos de B. karchei); cono supraocular ausente (vs. presente); de B. minima por la presencia de una espina pélvica (vs. espina pélvica ausente o indistinta), y hemipene con estructura apical en forma de peine (vs. como un globo sin adornos); de B. peyrierasi por el menor tamaño del macho adulto (SVL 15,1-15,3 mm vs. 19,1-27,4 mm), y el hemipene con estructura apical en forma de peine (vs. bilobulado con cuatro espinas en cada lóbulo); de B. ramanantsoai por un menor tamaño del macho adulto (SVL 15,1-15,3 mm vs. 21,7 mm), cono supraocular ausente (vs. presente en algunos especímenes), y hemipene con estructura apical en forma de peine (vs. de B. tristis por el menor tamaño del macho adulto (SVL 15,1-15,3 mm vs. 18,0- 18,2 mm), y el hemipene con estructura apical en forma de peine (vs. pequeñas papilas en el ápice no dispuestas en forma de peine); y de B. tuberculata por la ausencia del cono supraocular (vs. presente), y el hemipene con estructura apical en forma de peine (vs. estructura en forma de corona). Para distinguirse de B. desperata, descrita más adelante, véase el diagnóstico de esta especie. Con respecto a un fragmento del gen 16S rRNA, B. micra muestra una divergencia por pares no corregida del 6,8% con su clado hermano (B. tristis+B. desperata), y divergencias .7,2% con todas las demás especies del grupo B. minima.