San Antonio nació como Fernando Martins en Lisboa, Portugal. Nació en el seno de una familia acomodada y a los quince años pidió ser enviado a la Abadía de Santa Cruz en Coimbra, la entonces capital de Portugal. Durante su estancia en la abadía, aprendió teología y latín.
Tras su ordenación sacerdotal, fue nombrado maestro de ceremonias y se encargó de la hospitalidad de la abadía. Cuando los frailes franciscanos establecieron una pequeña ermita en las afueras de Coimbra dedicada a San Antonio de Egipto, Fernando sintió el anhelo de unirse a ellos.
Fernando acabó recibiendo el permiso para dejar la Abadía y poder unirse a la nueva Orden Franciscana. Cuando fue admitido, cambió su nombre por el de Antonio.
Antonio viajó entonces a Marruecos para difundir la verdad de Dios, pero enfermó gravemente y fue devuelto a Portugal para recuperarse. El viaje de vuelta se desvió y el grupo llegó a Sicilia, desde donde viajaron a la Toscana. Athony fue asignado a la ermita de San Paolo después de que los frailes locales consideraran su salud.
Mientras se recuperaba, Anthony pasó su tiempo rezando y estudiando.
Un tiempo indeterminado después, los frailes dominicos vinieron a visitar a los franciscanos y hubo confusión sobre quién presentaría la homilía. Los dominicos eran conocidos por su predicación, por lo que los franciscanos asumieron que serían ellos los que proporcionarían un homilista, pero los dominicos asumieron que los franciscanos proporcionarían uno. Fue entonces cuando el jefe de la ermita franciscana le pidió a Antonio que hablara de lo que el Espíritu Santo le indicara.
Aunque intentó oponerse, Antonio pronunció una homilía elocuente y conmovedora que impresionó a ambos grupos. Pronto, la noticia de su elocuencia llegó a Francisco de Asís, que mantenía una fuerte desconfianza hacia el compromiso de la hermandad con una vida de pobreza. Sin embargo, en Antonio encontró un amigo.
En 1224, Francisco confió a Antonio los estudios de sus frailes. Antonio tenía un libro de salmos que contenía notas y comentarios para ayudar a la hora de enseñar a los alumnos y, en una época en la que aún no se había inventado la imprenta, lo valoraba mucho.
Cuando un novicio decidió abandonar la ermita, robó el valioso libro de Antonio. Cuando Antonio descubrió que había desaparecido, rezó para que lo encontraran o se lo devolvieran. El ladrón devolvió el libro y en un paso más volvió también a la Orden.
Se dice que el libro se conserva hoy en el convento franciscano de Bolonia.
Antonio enseñó ocasionalmente en las universidades de Montpellier y Toulouse, en el sur de Francia, pero donde mejor se desenvolvió fue en su papel de predicador.
Tan sencilla y rotunda era su enseñanza de la fe católica, que la mayoría de los iletrados e inocentes podían entender sus mensajes. Es por esta razón que fue declarado Doctor de la Iglesia por el Papa Pío XII en 1946.
Una vez, cuando San Antonio de Padua intentó predicar el verdadero Evangelio de la Iglesia Católica a los herejes que no le escuchaban, salió a predicar su mensaje a los peces. Esto no fue, como los liberales y naturalistas han tratado de decir, para la instrucción de los peces, sino más bien para la gloria de Dios, el deleite de los ángeles, y el alivio de su propio corazón. Cuando los críticos vieron que los peces empezaban a reunirse, se dieron cuenta de que también debían escuchar lo que Antonio tenía que decir.
Sólo tenía 35 años cuando murió y fue canonizado menos de un año después por el Papa Gregorio IX. Al ser exhumado unos 336 años después de su muerte, se encontró que su cuerpo estaba corrompido, sin embargo su lengua estaba totalmente incorrupta, tan perfectas eran las enseñanzas que se habían formado en ella.
Típicamente se le representa con un libro y el Niño Jesús y se le conoce comúnmente hoy en día como el «buscador de artículos perdidos.»
San Antonio es venerado en todo el mundo como patrón de los objetos perdidos, y se le atribuyen muchos milagros relacionados con personas perdidas, cosas perdidas e incluso bienes espirituales perdidos.