Diagnose. Een lid van de Brookesia minima groep op basis van kleine lichaamsgrootte (SVL,20 mm) en moleculaire fylogenetische verwantschappen. Brookesia micra onderscheidt zich van alle andere leden van de groep door een kortere relatieve staartlengte (staartlengte/SVL 0,37-0,49 versus 0,49-0,92), en door oranje gekleurde staarten bij volwassen dieren (versus onopvallende bruinachtige kleur). Bovendien van B. confidens door een kleinere volwassen grootte van het mannetje (SVL 15,1- 15,3 mm vs. 18,3-20,1 mm), supranasale kegel aanwezig (vs. afwezig), en hemipenis met kamvormige apicale structuur (vs. smal zonder ornamenten); van B. dentata door waarschijnlijk kleinere volwassen lichaamsgrootte (geen metingen van mannelijke B. dentata beschikbaar); van B. exarmata door kleinere volwassen lichaamsgrootte (vrouwelijke SVL 18.7-19,9 vs. 25,7-26,5, geen mannelijke maten beschikbaar voor B. exarmata); van B. karchei door kleinere afmetingen (vrouwelijke SVL 18,7-19,9 vs. 30,7, geen mannelijke maten beschikbaar voor B. karchei); supraoculaire kegel afwezig (vs. aanwezig); van B. minima door aanwezigheid van een bekkenwervelkolom (vs. afwezige of onduidelijke bekkenwervelkolom), en hemipenis met kamvormige apicale structuur (vs. ballonvormig zonder ornamenten); van B. peyrierasi door een kleinere volwassen mannetjesgrootte (SVL 15,1-15,3 mm vs. 19,1-27,4 mm), en hemipenis met kamvormige apicale structuur (vs. tweelobbig met vier stekels op elke lob); van B. ramanantsoai door een kleinere grootte van het volwassen mannetje (SVL 15,1-15,3 mm vs. 21,7 mm), supraoculaire kegel afwezig (vs. aanwezig bij sommige specimens), en hemipenis met kamachtige apicale structuur (vs. baleinachtig zonder versieringen); van B. tristis door een kleinere volwassen mannelijke grootte (SVL 15,1-15,3 mm vs. 18,0- 18,2 mm), en hemipenis met kam-achtige apicale structuur (vs. kleine papillen op apex niet kam-achtig gerangschikt); en van B. tuberculata door supraoculaire kegel afwezig (vs. aanwezig), en hemipenis met kam-achtige apicale structuur (vs. kroon-achtige structuur). Voor een onderscheid met B. desperata, hieronder beschreven, zie de diagnose van deze soort. Op basis van een fragment van het 16S rRNA-gen vertoont B. micra een niet-gecorrigeerde paarsgewijze divergentie van 6,8% ten opzichte van zijn zusterclade (B. tristis+B. desperata), en divergenties van .7,2% ten opzichte van alle andere soorten van de B. minima-groep.