De opkomst van de bijzondere school van het Neo-Confucianisme onder leiding van Zhu Xi krijgt in deze context een speciale betekenis. De Neo-Confucianistische opleving die begon in de late Tang omhelsde vele opwindende uitbreidingen van de Klassieke visie. Opmerkelijk tijdens de Bei Song was de opkomst van een nieuwe Confucianistische metafysica die beïnvloed was door het Boeddhisme en die vrijelijk leende van Taoïstische terminologie terwijl ze beide religies verwierp. Van belang voor de politieke en sociale omstandigheden in de Nan Song was de voortdurende groei tot een goed geïntegreerd filosofisch systeem dat een synthese vormde van metafysica, ethiek, sociale idealen, politieke aspiraties, individuele discipline en zelf-cultivatie.
De beste denkers van de vroege Nan Song waren gedesillusioneerd door het besef dat eerdere Neo-Confuciaanse pogingen hadden gefaald. Hervormingen die gericht waren op de toepassing van staatkunde waren uitgelopen op misbruik en controverses. De verspreiding van het onderwijs was niet samengevallen met een verhoging van de morele normen. Het verlies van de centrale vlakten was een grote culturele schok, maar praten over het terugwinnen van het verloren gebied was zinloos tenzij het werd voorafgegaan door een herontdekking van de ware betekenis van het Confucianisme. Voor Zhu Xi en zijn volgelingen zou een staat doordrongen van ware Confucianistische praktijken intern zo sterk zijn en zo’n aantrekkingskracht hebben op buitenstaanders dat het heroveren van het noorden slechts een minimale inspanning zou vergen; een staat zonder ware Confucianistische praktijken zou intern zo zwak en onaantrekkelijk zijn dat het heroveren van de verloren gebieden vrijwel onmogelijk zou zijn.
Daarenboven, bedreigd door de Juchen die hetzelfde erfgoed overnamen, voelden de Song zich gedreven om een exclusieve aanspraak te maken op zowel legitimiteit als orthodoxie. Een dergelijke claim vereiste dat de nieuwe afwijkingen werden geïnterpreteerd als een herbevestiging van oude idealen. Zo werd de intellectuele trend die zich onder leiding van Zhu Xi ontwikkelde eerst aangeduid als Daoxue (“School van de Ware Weg”) en later als Lixue (“School van de Universele Principes”). Voor de denkers van deze school betekende opvoeding een veel diepere zelf-cultivatie van moreel bewustzijn, waarvan de ultieme omvang de innerlijke ervaring was van het zich één voelen met universele principes. Deze mannen, die omschreven zouden kunnen worden als transcendentale moralisten in het Confucianisme, zetten zich ook in voor de wederopbouw van een morele samenleving – voor hen de enige denkbare basis voor een goed bestuur. Met missionarisachtige ijver hielden zij zich bezig met de verbreiding van deze ware weg en vormden zij moreel-intellectuele genootschappen. Zhu Xi, de grote synthesizer, rangschikte de klassieken in een stap-voor-stap leerplan, interpreteerde zijn belangrijkste keuzes, gezamenlijk bekend als de Sishu (“Vier Boeken”), vatte een monumentale geschiedenis samen in een korte versie vol moralistische oordelen, bereidde andere uitgebreide eigen geschriften en spreuken voor, en opende de weg voor een elementaire catechismus, getiteld de Sanzijing (“Drie Karakter Klassieken”), die het hele waardesysteem van deze school in eenvoudige taal overbracht voor wat het massa-onderwijs benaderde.
Veel idealistische geleerden stroomden toe naar Zhu Xi, zijn medewerkers en zijn discipelen. Gefrustreerd en vervreemd door de heersende omstandigheden en de demoraliserende lage normen, namen deze intellectuelen een eigenaardige archaïsche en semireligieuze levensstijl aan. Prominent in de wetenschap, onderwijsactiviteiten en sociaal leiderschap en vervulden enkele relatief onbelangrijke regeringsposten, deden zij hun exclusieve ideologische autoriteit gelden met een air van superioriteit, tot groot ongenoegen van veel conventionele Confucianen. Hoewel zij zich niet met politiek bezighielden, vormde het prestige dat zij verwierven een impliciete bedreiging voor de machthebbers. Het hoofdraadslid Han Tuozhou was bijzonder gealarmeerd toen hij merkte dat sommige van zijn politieke tegenstanders sympathiseerden met en zelfs steun verleenden aan deze bijzondere school. Een aantal andere bureaucraten van verschillende rangen deelden Han’s ongerustheid; de een na de ander beschuldigden zij de school ervan vergelijkbaar te zijn met een subversieve religieuze sekte, noemden haar een bedreiging voor de staatsveiligheid en vielen haar vermeende gebrek aan respect voor het hof aan. De school werd verboden als leugenachtig en on-Confuciaans. Enkele tientallen van haar leiders, waaronder Zhu Xi, werden verbannen, sommigen naar verre oorden. Voortaan moesten alle kandidaten voor het staatsexamen verklaren dat zij geen banden hadden met de school.
De meeste historische verslagen volgen de opvatting dat de controverse weer een voorbeeld was van factiestrijd, maar dat was niet het geval. De aanvallers vormden geen samenhangende groep, behalve dan hun gemeenschappelijke wrok tegen de school, noch was de school zelf een actieve groep in de politiek. Het conflict was er in feite een tussen twee gepolariseerde niveaus-politieke macht en ideologische autoriteit. De aard van de Confucianistische staat vereiste dat de twee zouden samenvallen, zo niet samenvallen.
De vervolging had een boemerangeffect door van de slachtoffers helden te maken en sympathie op te wekken bij neutrale geleerden-ambtenaren. Een paar jaar later realiseerde Han zich zijn fout en hief het verbod op. De meeste historische verslagen laten ten onrechte de indruk achter dat, toen het verbod eenmaal was opgeheven, de Zhu Xi school van het Neo-Confucianisme door haar preëminentie snel een brede acceptatie kreeg, waardoor zij bijna automatisch de felbegeerde status van officiële orthodoxie bereikte. Maar in werkelijkheid verliep de opgang naar de orthodoxie langzaam en werd deze bereikt door politieke manipulatie, veroorzaakt door een interne crisis over de keizerlijke opvolging en vervolgens door de externe dreiging van de Mongolen. Shi Miyuan, de hoofdraadsheer die Lizong tot keizer benoemde, creëerde omstandigheden waardoor de oudste erfgenaam van Ningzong gedwongen werd zelfmoord te plegen. Dit was schadelijk voor het imago van het hof en voor dat van Shi zelf. Om de politieke geschillen te beslechten, plaatste hij een aantal veteranen van de school op prestigieuze posten om het evenwicht in de bureaucratie te herstellen.
In 1233, het jaar vóór de Mongoolse verovering van Juchen, eerden de Mongolen Confucius en herbouwden zijn tempel in Peking. In 1237 stelde hun opkomende nomadenrijk, dat reeds een groot deel van Noord-China bezette, opnieuw een ambtenarenexamen in en beweerde daarmee dat het ook een Confuciaanse staat was. Zowel militair als cultureel bedreigd, maakte de Nan Song Zhu Xi’s commentaren officieel, zijn school de orthodoxie van de staat, en zijn bewering de geaccepteerde versie – dat de ware weg van Confucius gedurende meer dan een millennium verloren was gegaan en dat de lijn van overdracht pas was hervat toen, geïnspireerd door de vroege Bei Song meesters, Zhu Xi deze weer in ere herstelde. Dit impliceerde dat het Confucianisme dat de Mongolen overnamen slechts een bleke imitatie was en zonder legitimiteit.