Powstanie szczególnej szkoły neokonfucjanizmu prowadzonej przez Zhu Xi nabiera w tym kontekście szczególnego znaczenia. Neokonfucjański zryw rozpoczynający się pod koniec Tang obejmował wiele ekscytujących rozszerzeń klasycznej wizji. Godne uwagi w okresie Bei Song było pojawienie się nowej konfucjańskiej metafizyki, która pozostawała pod wpływem buddyzmu i swobodnie zapożyczała terminologię daoistyczną, odrzucając jednocześnie obie religie. Istotny dla warunków politycznych i społecznych Nan Song był jej ciągły rozwój w kierunku dobrze zintegrowanego systemu filozoficznego, który syntetyzował metafizykę, etykę, ideały społeczne, aspiracje polityczne, indywidualną dyscyplinę i samokultywację.
Courtesy of the National Palace Museum, Taiwan, Republic of China
Najlepsi myśliciele wczesnego Nan Song byli rozczarowani świadomością, że poprzednie neokonfucjańskie próby zakończyły się niepowodzeniem. Reformy, które miały na celu zastosowanie prawa państwowego, zakończyły się nadużyciami i kontrowersjami. Rozprzestrzenianie się edukacji nie zbiegło się z podniesieniem standardów moralnych. Utrata równin centralnych była wielkim wstrząsem kulturowym, ale mówienie o odzyskaniu utraconego terytorium było bezużyteczne, jeśli nie zostało poprzedzone ponownym odkryciem prawdziwego znaczenia konfucjanizmu. Dla Zhu Xi i jego zwolenników państwo przesiąknięte prawdziwymi praktykami konfucjańskimi byłoby tak silne wewnętrznie i tak atrakcyjne dla przybyszów z zewnątrz, że odzyskanie północy wymagałoby jedynie minimalnego wysiłku; państwo pozbawione prawdziwych praktyk konfucjańskich byłoby tak słabe wewnętrznie i tak nieatrakcyjne, że odzyskanie utraconych terytoriów byłoby zupełnie niemożliwe.
Co więcej, zagrożeni przejęciem tego samego dziedzictwa przez Juchen, Songowie czuli się zmuszeni do wysunięcia wyłącznego roszczenia zarówno do legitymizacji, jak i ortodoksji. Takie roszczenie wymagało, aby nowe odstępstwa były interpretowane jako potwierdzenie starożytnych ideałów. Dlatego nurt intelektualny, który rozwinął się pod przywództwem Zhu Xi, określano najpierw jako Daoxue („Szkoła Prawdziwej Drogi”), a później jako Lixue („Szkoła Uniwersalnych Zasad”). Edukacja, dla myślicieli tej szkoły, oznaczała daleko idącą autokultywację świadomości moralnej, której ostatecznym wymiarem było wewnętrzne doświadczenie poczucia jedności z uniwersalnymi zasadami. Ci ludzie, których można określić mianem transcendentalnych moralistów konfucjańskich, zobowiązali się również do odbudowy moralnego społeczeństwa – dla nich była to jedyna możliwa do pomyślenia podstawa dobrego rządu. Z misjonarskim zapałem angażowali się w propagowanie tej prawdziwej drogi i tworzyli moralno-intelektualne stowarzyszenia. Zhu Xi, wielki syntetyk, uszeregował klasyków w programie nauczania krok po kroku, zinterpretował swoje najważniejsze wybory, znane pod wspólną nazwą Sishu („Cztery Księgi”), streścił monumentalną historię w krótkiej wersji pełnej moralizatorskich sądów, przygotował inne obszerne pisma i powiedzenia własnego autorstwa i otworzył drogę dla elementarnego katechizmu, zatytułowanego Sanzijing („Klasyka Trzech Charakterów”), który przekazał cały system wartości tej szkoły w prostym języku, zbliżonym do edukacji masowej.
Do Zhu Xi, jego współpracowników i uczniów przyciągnęło wielu idealistycznych uczonych. Sfrustrowani i wyobcowani przez panujące warunki i demoralizujące niskie standardy, intelektualiści ci przyjęli osobliwy archaiczny i na wpół religijny styl życia. Wyróżniając się w nauce, działalności edukacyjnej i przywództwie społecznym oraz zajmując stosunkowo niewielkie stanowiska rządowe, zapewniali sobie wyłączny autorytet ideologiczny z atmosferą wyższości, ku niezadowoleniu wielu konwencjonalnych konfucjanistów. Choć nie przepadali za polityką, zdobyty przez nich prestiż stanowił ukryte zagrożenie dla rządzących. Główny radca Han Tuozhou był szczególnie zaniepokojony, gdy odkrył, że niektórzy z jego politycznych przeciwników sympatyzują, a nawet wspierają tę konkretną szkołę. Wielu innych biurokratów różnej rangi podzielało niepokój Hana; jeden po drugim oskarżali szkołę o podobieństwo do wywrotowej sekty religijnej, nazywając ją zagrożeniem dla bezpieczeństwa państwa i atakując jej rzekomy brak szacunku dla sądu. Szkoła została zakazana jako fałszywa nauka i nie-konfucjańska. Kilkudziesięciu jej przywódców, w tym Zhu Xi, zostało wygnanych, niektórzy do odległych miejsc. Odtąd wszyscy kandydaci do egzaminów państwowych musieli deklarować, że nie mają żadnych związków z tą szkołą.
Większość przekazów historycznych stoi na stanowisku, że kontrowersje były kolejnym przykładem walk frakcyjnych, ale tak nie było. Napastnicy nie stanowili spójnej grupy, poza wspólną niechęcią do szkoły, a sama szkoła nie była grupą aktywną politycznie. W rzeczywistości konflikt toczył się między dwoma spolaryzowanymi poziomami – władzą polityczną i autorytetem ideologicznym. Natura państwa konfucjańskiego wymagała, aby te dwa poziomy były zbieżne, jeśli nie zbieżne.
Prześladowania przyniosły efekt bumerangowy, czyniąc bohaterów ze swoich ofiar i wzbudzając sympatię wśród neutralnych uczonych-urzędników. Uświadomiwszy sobie swój błąd kilka lat później, Han zniósł zakaz. Większość przekazów historycznych pozostawia błędne wrażenie, że po zniesieniu zakazu szkoła Zhu Xi, będąca szkołą neokonfucjanizmu, dzięki swej przewadze szybko zyskała szeroką akceptację, co niemal automatycznie podniosło ją do upragnionego statusu oficjalnej ortodoksji. W rzeczywistości jednak dojście do ortodoksji było powolne i osiągnięte dzięki politycznej manipulacji, spowodowanej wewnętrznym kryzysem sukcesji cesarskiej, a następnie zewnętrznym zagrożeniem ze strony Mongołów. Shi Miyuan, główny radca, który uczynił Lizonga cesarzem, stworzył okoliczności, które zmusiły starszego dziedzica Ningzonga do popełnienia samobójstwa. Było to szkodliwe dla wizerunku dworu i dla samego Shi. Naprawiając polityczne porachunki, umieścił kilku weteranów szkoły na prestiżowych stanowiskach, aby przywrócić równowagę w biurokracji.
W 1233 r., rok przed podbojem Juchen przez Mongołów, Mongołowie uhonorowali Konfucjusza i odbudowali jego świątynię w Pekinie. W 1237 r. ich powstające koczownicze imperium, zajmujące już znaczną część północnych Chin, przywróciło egzamin służby cywilnej, twierdząc tym samym, że ono również jest państwem konfucjańskim. Zagrożeni zarówno militarnie, jak i kulturowo, Nan Song uczynili komentarze Zhu Xi oficjalnymi, jego szkołę państwową ortodoksją, a jej twierdzenia akceptowaną wersją – że prawdziwa droga Konfucjusza została utracona na ponad tysiąclecie i że linia przekazu została wznowiona dopiero wtedy, gdy Zhu Xi, zainspirowany przez wczesnych mistrzów Bei Song, przywrócił ją. To sugerowało, że jakikolwiek konfucjanizm przejęty przez Mongołów był tylko bladą imitacją i nie miał legitymizacji.