Ansamlingen av den särskilda skolan av neokonfucianism som leddes av Zhu Xi får en särskild betydelse i detta sammanhang. Det neokonfucianska uppsvinget som började i slutet av Tang omfattade många spännande utvidgningar av den klassiska visionen. Anmärkningsvärt under Bei Song var uppkomsten av en ny konfuciansk metafysik som var influerad av buddhismen och som fritt lånade från daoistisk terminologi samtidigt som den förkastade båda religionerna. Av betydelse för de politiska och sociala förhållandena i Nan Song var dess kontinuerliga tillväxt till ett välintegrerat filosofiskt system som syntetiserade metafysik, etik, sociala ideal, politiska strävanden, individuell disciplin och självkultivering.
Med tillstånd av National Palace Museum, Taiwan, Republiken Kina
De bästa tänkarna i den tidiga Nan Song blev desillusionerade av insikten att tidigare neokonfucianska försök hade misslyckats. Reformer som hade försökt tillämpa statskunskap hade slutat i missbruk och kontroverser. Utbildningens spridning hade inte sammanfallit med en höjning av de moraliska normerna. Förlusten av de centrala slätterna var en stor kulturell chock, men att tala om att återvinna det förlorade territoriet var meningslöst om det inte föregicks av en återupptäckt av konfucianismens sanna innebörd. För Zhu Xi och hans anhängare skulle en stat genomsyrad av sanna konfucianska metoder vara så internt stark och ha en sådan dragningskraft på utomstående att det bara skulle kräva en minimal ansträngning att återerövra norr; en stat som saknade sanna konfucianska metoder skulle vara så internt svag och ointressant att det skulle vara helt omöjligt att återerövra de förlorade territorierna.
För övrigt kände sig Song-folket, som hotades av att Juchen tog till sig samma arv, drivet att göra ett exklusivt anspråk på både legitimitet och ortodoxi. Ett sådant anspråk krävde att de nya avvikelserna tolkades som en bekräftelse av gamla ideal. Den intellektuella trend som utvecklades under Zhu Xis ledning kallades därför först Daoxue (”den sanna vägens skola”) och senare Lixue (”de universella principernas skola”). Utbildning innebar för tänkarna i denna skola en mycket djupare självkultivering av det moraliska medvetandet, vars yttersta omfattning var den inre erfarenheten av att känna sig ett med de universella principerna. Dessa män, som skulle kunna beskrivas som transcendentala moralister inom konfucianismen, gjorde också ett åtagande att återuppbygga ett moraliskt samhälle – för dem den enda tänkbara grunden för ett gott styre. Med missionärsliknande iver ägnade de sig åt att sprida denna sanna väg och bildade moraliskt-intellektuella gemenskaper. Zhu Xi, den store syntesen, rangordnade klassikerna i en stegvis läroplan, tolkade sina främsta val, som tillsammans kallas Sishu (”Fyra böcker”), sammanfattade en monumental historia i en kortfattad version full av moralistiska bedömningar, förberedde andra omfattande skrifter och talesätt som han själv författade, och banade väg för en elementär katekes med titeln Sanzijing (”Klassiker om de tre karaktärerna”) som förmedlade hela denna skolas värdesystem på ett enkelt språk för vad som närmast var massutbildning.
Många idealistiska forskare strömmade till Zhu Xi, hans medarbetare och lärjungar. Frustrerade och alienerade av de rådande förhållandena och den demoraliserande låga standarden antog dessa intellektuella en märklig arkaisk och semireligiös livsstil. De var framstående inom vetenskap, utbildningsverksamhet och socialt ledarskap och innehade några relativt små regeringsposter. De hävdade sin exklusiva ideologiska auktoritet med en känsla av överlägsenhet, mycket till missnöje för många konventionella konfucianer. Även om de inte var särskilt intresserade av politik var den prestige de skaffade sig ett underförstått hot mot makthavarna. Den ledande rådgivaren Han Tuozhou blev särskilt orolig när han upptäckte att några av hans politiska motståndare sympatiserade med och till och med stödde denna särskilda skola. Ett antal andra byråkrater på olika nivåer delade Hans oro; den ena efter den andra anklagade skolan för att likna en subversiv religiös sekt, kallade den ett hot mot statens säkerhet och angrep dess påstådda bristande respekt för domstolen. Skolan förbjöds som falsk lärdom och okonfuciansk. Flera dussin av dess ledare, däribland Zhu Xi, förvisades, vissa till avlägsna platser. Hädanefter var alla kandidater till statliga prov tvungna att förklara att de inte hade någon koppling till skolan.
De flesta historiska redogörelser följer uppfattningen att kontroversen var ytterligare ett exempel på fraktionsstrider, men så var inte fallet. Angriparna var inte en sammanhållen grupp, med undantag för sin gemensamma förbittring mot skolan, och skolan själv var inte heller en aktiv grupp inom politiken. Konflikten var i själva verket en konflikt mellan två polariserade nivåer – politisk makt och ideologisk auktoritet. Den konfucianska statens natur krävde att de två skulle konvergera om inte sammanfalla.
Förföljelsen fick en bumerang genom att göra hjältar av sina offer och väcka sympatier bland neutrala lärda tjänstemän. Han insåg sitt misstag några år senare och upphävde förbudet. De flesta historiska redogörelser ger ett felaktigt intryck av att när förbudet väl hävdes fick Zhu Xi-skolan av nykonfucianism genom sin överlägsenhet snart en bred acceptans, vilket nästan automatiskt höjde den till den eftertraktade statusen av officiell ortodoxi. Men i verkligheten var uppkomsten av ortodoxi långsam och uppnåddes genom politisk manipulation, som orsakades av en intern kris i samband med den kejserliga tronföljden och sedan av det yttre hotet från mongolerna. Shi Miyuan, den chefsrådgivare som gjorde Lizong till kejsare, skapade omständigheter som tvingade den äldre arvtagaren till Ningzong att begå självmord. Detta var skadligt för hovets anseende och för Shi själv. Han reparerade de politiska stängslen och placerade några av skolans veteranledare på prestigefyllda positioner för att återställa balansen i byråkratin.
År 1233, året före mongolernas erövring av Juchen, hedrade mongolerna Konfucius och återuppbyggde hans tempel i Peking. År 1237 återinförde deras framväxande nomadiska imperium, som redan ockuperade en stor del av norra Kina, en civil ämbetsmannaexamen och hävdade därmed att även det var en konfuciansk stat. Nan Song, som hotades både militärt och kulturellt, gjorde Zhu Xis kommentarer officiella, hans skola till statlig ortodoxi och dess påstående till den accepterade versionen – att Konfucius sanna väg hade gått förlorad under mer än ett årtusende och att överföringslinjen inte återupptogs förrän Zhu Xi, inspirerad av de tidiga Bei Song-mästarna, återupprättade den. Detta innebar att den konfucianism som mongolerna tog över bara var en blek imitation och utan legitimitet.