Methods
Det klassiska EMSA-protokollet har fyra huvudsteg: 1) Isolering av proteiner från celler. Eftersom den stora majoriteten av aktiva DNA-bindande proteiner finns i kärnan används ett sekventiellt membranlysningsprotokoll som ger renat kärnprotein. 2) Tillverkning och radiomärkning av DNA-sonden. Fosfor 32 (32P) fästs vid 5′-ändarna av DNA-sonden genom användning av 32P-γATP som substrat för T4 polynukleotidkinas. DNA-sonder kan både köpas och tillverkas på beställning. 3) Renade proteiner och radiomärkta DNA-sonder saminkuberas med en EMSA-bindningsbuffert för att främja proteinernas bindning med DNA-sonden. Om en supershift EMSA utförs innehåller reaktionen också en selektiv antikropp som när den är bunden till protein-DNA-komplexen orsakar ytterligare fördröjning i gelen. 4) DNA-proteinkomplexen laddas och körs på en icke denaturerande polyakrylamidgel som orsakar separation av DNA-proteinkomplexen från de fria DNA-sonderna. Polyakrylamidgelerna torkas sedan ner och analyseras med hjälp av autoradiografi.