Efter att ha dragit på sig stora skulder står en bonde i Kentucky vid namn Arthur Shelby inför utsikten att förlora allt han äger. Trots att han och hans fru, Emily Shelby, har ett hjärtligt och kärleksfullt förhållande till sina slavar, bestämmer sig Shelby för att skaffa pengar genom att sälja två av sina slavar till mr Haley, en grov slavhandlare. Slavarna i fråga är farbror Tom, en medelålders man med fru och barn på gården, och Harry, den unge sonen till fru Shelbys hembiträde Eliza. När Shelby berättar för sin fru om sin överenskommelse med Haley blir hon förfärad eftersom hon har lovat Elizath att Shelby inte skulle sälja hennes son.
Eliza hör emellertid samtalet mellan Shelby och hans fru och efter att ha varnat farbror Tom och hans fru, moster Chloe, tar hon Harry och flyr norrut, i hopp om att finna frihet med sin man George i Kanada. Haley förföljer henne, men två andra Shelbyslavar varnar Eliza för faran. Hon undviker mirakulöst att bli tillfångatagen genom att korsa den halvfrusna Ohiofloden, gränsen som skiljer Kentucky från norr. Haley anlitar en slavjägare vid namn Loker och hans gäng för att föra Eliza och Harry tillbaka till Kentucky. Eliza och Harry tar sig till en kväkersamhälle där kväkare går med på att hjälpa till att föra dem i säkerhet. De får sällskap vid bosättningen av George, som i glädje återförenas med sin familj för resan till Kanada.
Under tiden lämnar farbror Tom sorgset sin familj och Mas’r George, Shelbys unge son och Toms vän, när Haley tar honom till en båt på Mississippi för att transporteras till en slavmarknad. På båten möter Tom en änglalik liten vit flicka vid namn Eva, som snabbt blir vän med honom. När Eva faller i floden dyker Tom ner för att rädda henne, och hennes far, Augustine St. Clare, går tacksamt med på att köpa Tom av Haley. Tom följer med familjen St. Clares till deras hem i New Orleans, där han blir alltmer ovärderlig för familjen St. Clare och alltmer nära Eva, som han delar en hängiven kristendom med.
Uppe i norr är George och Eliza fortfarande på flykt från Loker och hans män. När Loker försöker fånga dem skjuter George honom i sidan och de andra slavjägarna drar sig tillbaka. Eliza övertygar George och kväkare att föra Loker till nästa bosättning, där han kan bli botad. Under tiden, i New Orleans, diskuterar St Clare slaveriet med sin kusin Ophelia, som motsätter sig slaveriet som institution men har djupa fördomar mot svarta. St Clare, däremot, känner ingen fientlighet mot svarta men tolererar slaveriet eftersom han känner sig maktlös att förändra det. För att hjälpa Ophelia att övervinna sin bigotteri köper han Topsy, en ung svart flicka som misshandlades av sin tidigare herre och låter Ophelia börja utbilda henne.
När Tom har bott hos St Clares i två år blir Eva mycket sjuk. Hon försvagas långsamt och dör sedan, med en vision av himlen framför sig. Hennes död har en djupgående effekt på alla som kände henne: Ophelia bestämmer sig för att älska slavarna, Topsy lär sig att lita på och känna sig fäst vid andra, och St Clare bestämmer sig för att släppa Tom fri. Men innan han hinner genomföra sitt beslut blir St Clare knivhuggen till döds när han försöker lösa ett bråk. När han dör finner han äntligen Gud och återförenas med sin mor i himlen.
St. Clares grymma hustru Marie säljer Tom till en elak plantageägare vid namn Simon Legree. Tom förs till Louisianas landsbygd tillsammans med en grupp nya slavar, däribland Emmeline, som den demoniske Legree har köpt för att använda som sexslav och ersätta sin tidigare sexslav Cassy. Legree får en stark motvilja mot Tom när Tom vägrar att piska en medslav enligt order. Tom får en svår misshandel och Legre bestämmer sig för att krossa hans tro på Gud. Tom träffar Cassy och får höra hennes historia. Hon blev gravid igen men dödade barnet eftersom hon inte stod ut med att ännu ett barn skulle tas ifrån henne.
Omkring den här tiden, med hjälp av Tom Loker – som nu är en förändrad man efter att ha blivit botad av kväkare – korsar George, Eliza och Harry äntligen över till Kanada från Eriesjön och blir fria.I Louisiana sätts Toms tro hårt på prov av hans svårigheter, och han slutar nästan att tro. Han får dock två syner – en av Kristus och en av Eva – som förnyar hans andliga styrka och ger honom mod att stå emot Legrees plågor. Han uppmuntrar Cassy att fly, vilket hon gör och tar med sig Emmeline efter att ha tänkt ut ett knep där hon och Emmeline låtsas vara spöken. När Tom vägrar att berätta för Legree vart Cassy och Emmeline har tagit vägen beordrar Legree sina övervakare att slå honom. När Tom är nära döden förlåter han Legree och övervakarna. George Shelby anländer med pengar i handen för att köpa Toms frihet, men han kommer för sent. Han kan bara se på när Tom dör en martyrs död.
Med en båt mot friheten möter Cassy och Emmeline George Harris syster och reser med henne till Kanada, där Cassy inser att Eliza är hennes sedan länge försvunna dotter. Den nyligen återförenade familjen reser till Frankrike och bestämmer sig för att flytta till Liberia, den afrikanska nation som skapats för tidigare amerikanska slavar. George Shelby återvänder till gården i Kentucky, där han efter sin fars död frigör alla slavar för att hedra Toms minne. Han uppmanar dem att tänka på Toms uppoffring varje gång de tittar på hans stuga och att leva ett frommt kristet liv, precis som Tom gjorde.